Bio linux что это

Обновлено: 29.06.2024

BioLinux - это термин, используемый в различных проектах, связанных с упрощением доступа к программному обеспечению биоинформатики на платформе Linux с использованием одного или нескольких из следующих методов:

Поставка комплектных систем
Предоставление репозиториев программного обеспечения биоинформатики
Добавление пакетов биоинформатики в стандартные дистрибутивы
Live DVD / CD с добавлением программного обеспечения для биоинформатики
Системы построения и поддержки сообществ

В настоящее время существуют различные проекты с аналогичными целями как в системах Linux, так и в других системах Unix, и некоторые из них приведены ниже. В информационном бюллетене Canadian Bioinformatics Helpdesk также есть обзор, в котором подробно описаны некоторые проекты на базе Linux.

Содержание

Репозитории пакетов

Красная Шапка

Репозитории пакетов обычно зависят от дистрибутива Linux, который использует биоинформатик. В биоинформатике преобладает ряд вариантов Linux. Fedora - это свободно распространяемая версия коммерческой системы Red Hat . Red Hat широко используется в корпоративном мире, поскольку предлагает коммерческую поддержку и пакеты обучения. Fedora Core - это производная от Red Hat, поддерживаемая сообществом, она популярна среди тех, кому нравится система Red Hat, но не требует коммерческой поддержки. Многие пользователи приложений биоинформатики создали RPM (формат пакетов Red Hat), предназначенные для работы с Fedora, которые вы потенциально также можете установить в системах Red Hat Enterprise Linux . Другие дистрибутивы, такие как Mandriva и SUSE, используют RPM, поэтому эти пакеты также могут работать с этими дистрибутивами.

Debian

Debian - еще один очень популярный дистрибутив Linux, используемый во многих академических учреждениях, и некоторые специалисты по биоинформатике сделали для этого дистрибутива свои собственные программные пакеты в формате deb .

Slackware

Slackware - один из менее используемых дистрибутивов Linux . Он популярен среди тех, кто лучше знает операционную систему Linux и предпочитает командную строку различным доступным графическим интерфейсам. Пакеты имеют формат tgz или tgx. Наиболее широко известный live-дистрибутив, основанный на Slackware, - это Slax, который использовался в качестве основы для многих дистрибутивов биоинформатики.

Apple / Mac

Многие пакеты Linux совместимы с Mac OS X, и есть несколько проектов, которые пытаются упростить установку выбранных пакетов Linux (включая программное обеспечение биоинформатики) на компьютер под управлением Mac OS X. (источник?)

Live DVD / CD

Live DVD или компакт-диски не являются идеальным способом обеспечения биоинформатических вычислений, поскольку они запускаются с привода CD / DVD. Это означает, что они работают медленнее, чем установка с традиционного жесткого диска, и имеют ограниченные возможности настройки. Однако они могут подходить для предоставления специальных решений там, где нет другого доступа к Linux, и даже могут использоваться в качестве основы для установки Linux.

Стандартные дистрибутивы с хорошей поддержкой биоинформатики

В общем, в дистрибутивах Linux доступен широкий спектр официальных пакетов, но они обычно не включают в себя значительную научную поддержку. Есть исключения, подобные описанным ниже.

Gentoo Linux предоставляет более 156 биоинформатических приложений (см. Gentoo sci-biology herd в основном дереве ) в форме ebuild-файлов , которые собирают приложения из исходного кода. Дополнительные 315 пакетов находятся в оверлее Gentoo science (для тестирования).

Несмотря на то, что это очень гибкая система с отличной поддержкой сообщества, требование установки из исходного кода означает, что системы Gentoo часто устанавливаются медленно и требуют значительного обслуживания. Можно сократить время компиляции, используя центральный сервер для создания двоичных пакетов. С другой стороны, вы можете точно настроить все для работы на максимальной скорости, используя лучшее из вашего процессора (например, для фактического использования инструкций SSE, AVX и AVX2 CPU). Дистрибутивы на основе двоичных файлов обычно предоставляют двоичные файлы, используя только наборы инструкций i686 или даже i386.

FreeBSD не является дистрибутивом Linux, но, поскольку это версия Unix , она очень похожа. Его порты похожи на ебилды Gentoo, и применяются те же предостережения. Однако существуют также готовые бинарные пакеты. Существует более 60 приложений для биологических наук, и они перечислены на сайте Fresh Ports.

В стандартную установку Debian входит более сотни пакетов биоинформатики. Пакеты NEBC Bio-Linux также могут быть установлены в стандартной системе Debian, если также установлен пакет bio-linux-base. Это создает каталог / usr / local / bioinf, в котором другие наши пакеты устанавливают свое программное обеспечение. Пакеты Debian также могут работать в Ubuntu Linux или других установках, производных от Debian.

Системы построения и поддержки сообществ

Поддержка и документация должны быть важной частью любого проекта BioLinux, чтобы ученые, не являющиеся ИТ-специалистами, могли быстро найти ответы на свои конкретные проблемы. Форумы поддержки или списки рассылки также полезны для распространения знаний в исследовательском сообществе. Ссылки на некоторые из этих ресурсов приведены здесь.

Поставка полных систем
Предоставление репозиториев программного обеспечения биоинформатики
Добавление пакетов биоинформатики в стандартные дистрибутивы
Live DVD / CD с добавлением программного обеспечения для биоинформатики
Системы построения и поддержки сообщества

В настоящее время существуют различные проекты с аналогичными целями как в системах Linux, так и в других системах Unix, и некоторые из них приведены ниже. В бюллетене Canadian Bioinformatics Helpdesk Newsletter [1] также есть обзор, в котором подробно описаны некоторые проекты на базе Linux.

Содержание

Репозитории пакетов обычно зависят от дистрибутива Linux, который использует биоинформатик. В биоинформатике преобладает ряд вариантов Linux. Fedora - это свободно распространяемая версия коммерческой системы Red Hat . Red Hat широко используется в корпоративном мире, поскольку предлагает коммерческую поддержку и пакеты обучения. Fedora Core - это производная от Red Hat, поддерживаемая сообществом, она популярна среди тех, кому нравится система Red Hat, но не требует коммерческой поддержки. Многие пользователи приложений биоинформатики создали RPM (формат пакетов Red Hat), предназначенные для работы с Fedora, которые вы потенциально также можете установить в системах Red Hat Enterprise Linux . Другие дистрибутивы, такие как Mandriva и SUSE используют RPM, поэтому эти пакеты также могут работать с этими дистрибутивами.

Slackware - один из менее используемых дистрибутивов Linux . Он популярен среди тех, кто лучше знает операционную систему Linux и предпочитает командную строку различным доступным графическим интерфейсам. Пакеты имеют формат tgz или tgx. Самым широко известным live-дистрибутивом, основанным на Slackware, является Slax, который использовался в качестве основы для многих дистрибутивов биоинформатики.

Live DVD или компакт-диски - не идеальный способ обеспечить биоинформатические вычисления, поскольку они запускаются с привода CD / DVD. Это означает, что они работают медленнее, чем установка с традиционного жесткого диска, и имеют ограниченные возможности настройки. Однако они могут подходить для предоставления специальных решений там, где нет другого доступа к Linux, и даже могут использоваться в качестве основы для установки Linux.

Gentoo Linux предоставляет более 156 биоинформатических приложений (см. Gentoo sci-biology herd в главном дереве ) в форме ebuild-файлов , которые создают приложения из исходного кода. Дополнительные 315 пакетов находятся в оверлее Gentoo science (для тестирования).

FreeBSD не является дистрибутивом Linux, но, поскольку это версия Unix , она очень похожа. Его порты похожи на ебилды Gentoo, и здесь применяются те же предостережения. Однако существуют также готовые бинарные пакеты. Существует более 60 приложений для биологических наук, и они перечислены на сайте Fresh Ports [2] .

В стандартную установку Debian входит более сотни пакетов биоинформатики. Пакеты NEBC Bio-Linux [3] также могут быть установлены в стандартной системе Debian, если также установлен пакет bio-linux-base. Это создает каталог / usr / local / bioinf, в котором другие наши пакеты устанавливают свое программное обеспечение. Пакеты Debian могут также работать в Ubuntu Linux или других установках, производных от Debian.

Обеспечение поддержки и документации должно быть важной частью любого проекта BioLinux, чтобы ученые, не являющиеся ИТ-специалистами, могли быстро найти ответы на свои конкретные проблемы. Форумы поддержки или списки рассылки также полезны для распространения знаний в исследовательском сообществе. Ссылки на некоторые из этих ресурсов приведены здесь.

Время для популярной викторины: что такое научные дистрибутивы Linux?

Ответ довольно очевиден: хотя большинство дистрибутивов Linux являются универсальными, некоторые специализированные поставляются в комплекте с определенными типами программного обеспечения. Например, есть , те, которые превращают ваш компьютер в мультимедийную производственную студию, и даже несколько религиозных дистрибутивов Зная это, вас не должно удивлять существование научных дистрибутивов Linux. В конце концов, история Linux начали в исследовательских лабораториях, и сегодня Linux обеспечивает работу серверов и рабочие станции крупнейших мировых исследовательских организаций.

Проще говоря, научные дистрибутивы предлагают предустановленное программное обеспечение для различных исследовательских целей. Конечно, вы можете превратить вашу обычную Ubuntu в научный дистрибутив, установив те же приложения, но смысл таких дистрибутивов состоит в том, чтобы избегать охоты на отдельные приложения. Вместо этого они предоставляют быстрый способ развертывания Linux в исследовательских учреждениях, учебных заведениях и на персональных компьютерах студентов и любознательных пользователей. Если вы среди последних, вот пять великих научных дистрибутивов для рассмотрения.

1. Био-Linux

Этот зеленый дистрибутив предназначен для ученых, которые работают в области биоинформатики — междисциплинарной области, которая сочетает молекулярную биологию и генетику со статистикой и методами анализа из компьютерных наук. Био-Linux, созданный в Центре Синтеза Окружающей Среды в Великобритании, поддерживается и финансируется Центром Экологии и Гидрологии (CEH) и Советом по исследованию окружающей среды (NERC).

Это дистрибутив на основе Ubuntu, доступный только для 64-битных систем, и он предлагает две среды рабочего стола: Unity по умолчанию и MATE в качестве упрощенной альтернативы . Последняя версия (8.0.5) гарантирует долгосрочную поддержку благодаря ядру Ubuntu 14.04. Bio-Linux 8 содержит буквально сотни инструментов биоинформатики, как командной строки, так и графических. Чтобы помочь вам начать, Bio-Linux предлагает руководство в формате PDF .

Основные возможности программного обеспечения: Artemis, программа просмотра последовательности ДНК и приложение для аннотаций; Galaxy, основанная на браузере биомедицинская исследовательская платформа; Fasta, для поиска в базе данных ДНК и белков; Мескит, для эволюционной биологии; njplot, для рисования филогенетических деревьев, и Rasmol, для визуализации макромолекул. Если вы хотите установить пакеты из Bio-Linux в вашей системе на основе Ubuntu, вы можете просто добавить их репозитории .

Bio-Linux доступен бесплатно в виде живого образа и файла OVA, если вы хотите запустить его в VirtualBox.

Альтернатива: BioSLAX, научное распространение на основе Slackware, ориентированное на биоинформатику и разработанное в Национальном университете Сингапура.

2. Посейдон Линукс

Как и Bio-Linux, Poseidon Linux также имеет цветовую схему: нежные голубые тона, которые соответствуют его морскому названию. Брендинг был вдохновлен океанологами, которые работают над проектом, но Poseidon Linux — не только для одной отрасли науки. Вместо этого он предлагает широкий спектр инструментов, от 2D и 3D визуализации, генетики и приложений для программирования до поддержки статистики, численного моделирования и картографии.

Poseidon Linux является результатом трансатлантического сотрудничества между Федеральным университетом Рио-Гранде в Бразилии и Институтом MARUM в Германии. Текущая стабильная версия (4.0) отстает от времени, поскольку основана на Ubuntu 10.04. Тем не менее, Poseidon 5.0 находится в стадии разработки и обещает долгосрочную поддержку (опираясь на Ubuntu 12.04) и Unity в качестве среды рабочего стола по умолчанию — долгожданное обновление со старой версии GNOME 2.30, которая поставляется с Poseidon 4.0.

Основные возможности программного обеспечения: Lab Plot, для интерактивного построения графиков и анализа данных; QCAD, для 2D-рисования; Blender для 3D-моделирования и QGIS, полная географическая информационная система.

Вы можете бесплатно скачать Poseidon Linux в 32- и 64-разрядных версиях.

Альтернатива: если вам нужны только инструменты географии и картографии, попробуйте OSGeo , основанный на Lubuntu продукт Open Source Geospatial Foundation.

3. CAElinux [больше не доступен]

Подсказка в названии: CAE означает автоматизированное проектирование, и этот научный дистрибутив идеально подходит для всех, кто работает с САПР, моделированием, прототипированием, 3D-печатью и физическим моделированием. Разработанный в Швейцарии, CAElinux основан на Xubuntu 12.04 и требует 64-битной системы. Он не предлагает никаких вариантов рабочего стола, кроме Xfce, но его выбор программного обеспечения впечатляет.

Основные возможности программного обеспечения: Salome, для 3D CAD и Mesh; GMSH, для моделирования геометрии; Scilab, для математического программирования; Paraview, для 3D визуализации; ImageJ, для обработки и анализа изображений, и Элмер, для сложных физических моделей.

CAElinux доступен в виде образа Live DVD бесплатно, или вы можете заказать физическую копию по доступной цене.

Альтернатива: если вам не нужно все передовое программное обеспечение для проектирования и вам нужны инструменты для 3D-моделирования и анимации, попробуйте ArtistX, о котором мы подробно рассказали

4. Научный Linux

После всех этих * основанных на Buntu дистрибутивов Scientific Linux — настоящий комбо-прерыватель: это перестройка Red Hat Enterprise Linux. Последняя версия (7.1, под кодовым названием Nitrogen) вышла совсем недавно, в трех вариантах — KDE, GNOME и IceWM Прекрасные — только для 64-битных систем. Однако его база — не единственное, что выделяет Scientific Linux. В отличие от других дистрибутивов, которые переполнены научным программным обеспечением, Scientific Linux предлагает только базовый набор приложений. Какой подлый, вводящий в заблуждение дистрибутив!

Ну не совсем. Scientific Linux, по сути, разработан учеными из Национальной ускорительной лаборатории Ферми и Европейской организации ядерных исследований (CERN). Хотя он не предлагает много научных приложений по умолчанию, в репозиториях доступны десятки. Благодаря встроенной поддержке кодеков и беспроводной связи Scientific Linux является отличным выбором для научной среды, в которой все должно функционировать без особых усилий. Пользователи могут устанавливать только те программы, которые им нужны, поэтому их система не будет перегружена приложениями, которые они никогда не откроют.

Основные характеристики программного обеспечения: PostgreSQL и MySQL, для баз данных и разработки приложений; Текстовый редактор GNU Emacs; R язык программирования; Frysk, для системного анализа и мониторинга, и gnuplot, для построения математических выражений. (Обратите внимание, что некоторые из этих приложений не будут установлены по умолчанию, но вы можете получить их из репозиториев.)

Scientific Linux можно загрузить как образ Live DVD .

Альтернатива: разработчики Scientific Linux поощряют создание «спинов» или сборок на основе своего проекта. Одним из таких дистрибутивов является Fermi Linux ; хороший, ориентированный на безопасность вариант для тех, кто хочет запускать Scientific Linux в 32-битной системе.

5. Fedora Scientific

Этот выпуск Fedora представляет собой золотую середину между узкоспециализированным и обычным дистрибутивом Linux. Как таковой, он отлично подходит для исследователей и студентов всех научных специальностей, хотя он слегка склоняется в пользу численных исследований. Среда рабочего стола по умолчанию — KDE, а Fedora Scientific доступна как для 32-разрядных, так и для 64-разрядных архитектур. Он разработан Amit Saha при поддержке Fedora Science and Technology SIG. Красивая онлайн-документация познакомит вас с Fedora Scientific и проведет вас через выбор программного обеспечения.

Основные характеристики программного обеспечения: Maxima, полный набор алгебры; LaTeX, для создания документов и презентаций; Mayavi для трехмерной визуализации данных и контроля версий управления версиями trifecta: git, Mercurial и Subversion.

Вы можете скачать Fedora Scientific Live DVD либо через прямую загрузку, либо через торрент.

Альтернатива: если вы ищете удобный для пользователя научный дистрибутив, ориентированный на математику, Mathbuntu является прекрасной заменой Fedora Scientific. Он доступен в виде отдельного дистрибутива или набора пакетов для текущей установки Ubuntu.

Независимо от того, в какой области науки вы заинтересованы, вы сможете выбрать подходящий дистрибутив из этого списка. Теперь вернемся к этой популярной викторине — какой ваш любимый научный дистрибутив Linux? Можете ли вы назвать другие подобные дистрибутивы, которые заслуживают места в этом списке? Сделайте свою домашнюю работу и поделитесь своими рекомендациями в комментариях.

Время для популярной викторины: что такое научные дистрибутивы Linux?

те, которые превращают ваш компьютер в мультимедийную студию производства, и даже несколько религиозных дистрибутивов

, Зная это, вас не должно удивлять существование научных дистрибутивов Linux. Ведь история Linux

началось в исследовательских лабораториях, и сегодня Linux работает на серверах

и рабочие места крупнейших исследовательских организаций мира.

Проще говоря, научные дистрибутивы предлагают предустановленное программное обеспечение для различных исследовательских целей. Конечно, вы можете превратить вашу обычную Ubuntu в научный дистрибутив, установив те же приложения, но суть таких дистрибутивов заключается в том, чтобы избежать охоты на отдельные приложения. Вместо этого они предоставляют быстрый способ развертывания Linux в исследовательских учреждениях, учебных заведениях и на персональных компьютерах студентов и любознательных пользователей. Если вы среди последних, вот пять великих научных дистрибутивов для рассмотрения.

1. Био-Linux

Это дистрибутив на основе Ubuntu, доступный только для 64-битных систем, и он предлагает две среды рабочего стола: Unity по умолчанию и MATE в качестве легкой альтернативы

, Последняя версия (8.0.5) гарантирует долгосрочную поддержку благодаря ядру Ubuntu 14.04. Bio-Linux 8 содержит буквально сотни инструментов биоинформатики, как командной строки, так и графических. Чтобы помочь вам начать, Bio-Linux предлагает руководство в формате PDF.

Основные характеристики программного обеспечения: Артемида, программа просмотра последовательности ДНК и приложение для аннотаций; Galaxy, основанная на браузере биомедицинская исследовательская платформа; Fasta, для поиска в базе данных ДНК и белков; Мескит, для эволюционной биологии; njplot, для рисования филогенетических деревьев, и Rasmol, для визуализации макромолекул. Если вы хотите установить пакеты из Bio-Linux в вашей системе на основе Ubuntu, вы можете просто добавить их репозитории.

Bio-Linux доступен бесплатно в виде живого образа и файла OVA, если вы хотите запустить его в VirtualBox.

Альтернатива: BioSLAX, научное распространение на основе Slackware, сфокусированное на биоинформатике и разработанное в Национальном университете Сингапура.

2. Посейдон Линукс

Как и Bio-Linux, Poseidon Linux также имеет цветовую схему: нежные голубые тона, которые соответствуют его морскому названию. Брендинг был вдохновлен океанологами, которые работают над проектом, но Poseidon Linux не только для одной отрасли науки. Вместо этого он предлагает широкий спектр инструментов, от 2D и 3D визуализации, генетики и приложений для программирования до поддержки статистики, численного моделирования и картографии.

Основные характеристики программного обеспечения: Лабораторный график, для интерактивного построения графиков и анализа данных; QCAD, для 2D-рисования; Blender для 3D-моделирования и QGIS, полная географическая информационная система.

Вы можете бесплатно скачать Poseidon Linux в 32- и 64-разрядных версиях.

Альтернатива: Если вам нужны только инструменты географии и картографии, попробуйте OSGeo, основанный на Lubuntu продукт Open Source Geospatial Foundation.

3. CAElinux

Основные характеристики программного обеспечения: Саломе, для 3D CAD и создания сетки; GMSH, для моделирования геометрии; Scilab, для математического программирования; Paraview, для 3D визуализации; ImageJ, для обработки и анализа изображений, и Элмер, для сложных физических моделей.

CAElinux доступен в виде образа Live DVD бесплатно, или вы можете заказать физическую копию по доступной цене.

Альтернатива: Если вам не нужно все передовое программное обеспечение для проектирования и вам нужны инструменты для 3D-моделирования и анимации, попробуйте ArtistX, который мы подробно рассмотрели

4. Научный Linux

Ну не совсем. Scientific Linux, по сути, разработан учеными из Национальной ускорительной лаборатории Ферми и Европейской организации ядерных исследований (CERN). Хотя по умолчанию он не предлагает много научных приложений, в репозиториях доступны десятки. Благодаря встроенной поддержке кодеков и беспроводной связи Scientific Linux является отличным выбором для научной среды, в которой все должно функционировать без особых усилий. Пользователи могут устанавливать только то программное обеспечение, которое им нужно, поэтому их система не будет перегружена приложениями, которые они даже никогда не откроют.

Scientific Linux можно загрузить как образ живого DVD.

Альтернатива: Разработчики Scientific Linux поощряют создание «спинов» или сборок на основе своего проекта. Одним из таких дистрибутивов является Fermi Linux; хороший, ориентированный на безопасность вариант для тех, кто хочет запускать Scientific Linux в 32-битной системе.

5. Fedora Scientific

Основные характеристики программного обеспечения: Максима, полный набор алгебры; LaTeX, для создания документов и презентаций; Mayavi, для 3D-визуализации данных и контроля версий

trifecta: мерзавец, Mercurial и Subversion.

Вы можете скачать Fedora Scientific Live DVD либо через прямую загрузку, либо через торрент.

Независимо от того, в какой области науки вы заинтересованы, вы сможете выбрать подходящий дистрибутив из этого списка. Теперь вернемся к этой популярной викторине.какой ваш любимый научный дистрибутив Linux? Можете ли вы назвать другие подобные дистрибутивы, которые заслуживают места в этом списке? Сделайте свою домашнюю работу и поделитесь своими рекомендациями в комментариях.

Кредиты изображений: Главное изображение, стена мониторинга на базе Nagios в NOC через Flickr от Docklandsboy, скриншот Poseidon, скриншот CAElinux, Scientific Linux через Wikimedia Commons, скриншот Fedora Scientific.

Читайте также: