R linux как пользоваться
Обновлено: 04.07.2024
Язык программирования с открытым исходным кодом R широко используется для выполнения анализа данных и статистических вычислений. Он поддерживается фондом R Foundation for Statistical Computing и становится все более популярным и расширяемым языком с активным сообществом разработчиков. R предлагает много сгенерированных пользователем пакетов для определенных областей исследований, что позволяет применять его в разных сферах.
В этом обучающем модуле мы выполним установку R и покажем, как добавлять пакеты из официальных архивов Comprehensive R Archive Network (CRAN).
Предварительные требования
Для прохождения этого обучающего модуля вам потребуется сервер Ubuntu 20.04, имеющий:
- не менее 1 Гбайт оперативной памяти
- пользователя без привилегий root с привилегиями sudo .
Чтобы выполнить необходимую настройку, воспользуйтесь нашим руководством по первоначальной настройке сервера.
После выполнения всех предварительных требований мы можем начинать.
Шаг 1 — Установка R
Поскольку проект R быстро развивается, в репозиториях Ubuntu не всегда доступна последняя стабильная версия. Поэтому мы начнем с добавления внешнего хранилища, обслуживаемого CRAN.
Примечание. CRAN хранит репозитории в своей сети, но не все внешние репозитории можно считать надежными. Установку следует выполнять только из доверенных источников.
Вначале добавим актуальный ключ GPG.
При запуске этой команды мы получим следующий вывод:
Получив надежный ключ, мы можем добавить репозиторий.
Если вы не используете версию 20.04, найдите подходящий репозиторий в списке R Project Ubuntu, где перечислены имена для каждого выпуска. Версия Ubuntu 20.04 имеет кодовое название Focal Fossa, а последняя версия R — это версия 4.0.0. Поэтому для нижеуказанного репозитория следует использовать правила обозначения имен — focal-cran40 .
Среди отображаемых данных найдите следующие строки:
Теперь нам нужно запустить обновление , чтобы добавить манифесты пакетов из нового репозитория.
Убедитесь, что одна из строк вывода выглядит примерно так:
Если в результате выполнения команды update выводится строка, похожая на описанную выше, это означает, что мы успешно добавили репозиторий. Мы можем быть уверены, что не установим случайно более старую версию.
Теперь мы готовы к установке R с помощью следующей команды.
Введите в диалоге y для подтверждения установки.
На момент написания этого документа последней стабильной версией R от CRAN была версия 4.0.1. Номер версии отображается при запуске R.
Поскольку мы планируем установить пример пакета для каждого пользователя системы, мы запустим R от имени пользователя root, чтобы библиотеки были автоматически доступны всем пользователям. Если вы запустите команду R без привилегий sudo , для вашего пользователя можно будет настроить личную библиотеку.
Это подтверждает, что мы успешно установили R и вошли в интерактивную оболочку.
Шаг 2 — Установка пакетов R от CRAN
Одно из преимуществ R — большое количество доступных дополнительных пакетов. Для демонстрационных целей мы установим библиотеку txtplot , которая выводит графики ASCII, включая элементы scatterplot, line plot, density plot, acf и bar chart:
Примечание. На следующем экране показано, где будет установлен пакет.
Этот глобальный путь доступен, поскольку мы запустили R от имени пользователя root. Это расположение делает пакет доступным для всех пользователей.
После завершения установки мы можем выполнить загрузку txtplot :
Если вы хотите узнать больше о txtplot , используйте команду help(txtplot) в интерпретаторе R.
Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью команды install.packages() . Чтобы узнать больше о доступных пакетах, воспользуйтесь официальным перечнем пакетов, отсортированных по имени, в списке Доступные пакеты CRAN по именам.
Для выхода изR введите q() . Нажмите n в диалоге, если не хотите сохранять образ рабочего пространства.
Заключение
После успешной установки R на сервере вас может заинтересовать руководство по установке RStudio Server, помогающее установить среду IDE для только что развернутой серверной системы. Также вы можете узнать больше о настройке сервера Shiny server для конвертации кода R в интерактивные веб-страницы.
Дополнительную информацию об установке пакетов R с помощью различных инструментов можно найти в указаниях по установке из GitHub, BitBucket или других репозиториев. Это позволит вам использовать последние наработки активного сообщества.
R-Linux это совершенно бесплатная программа, от создателя программы R-Studio, для восстановления данных на таких Linux-дистрибутивах как: Debian, Ubuntu, Fedora, Redhat Linux. Она поможет восстановлению данных с поврежденных, удаленных или отформатированных разделов жесткого диска, а также утерянных после вирусной атаки, перебоев электропитания компьютера, или сбоя операционной системы.
R-Linux может работать с файловыми системами Ext2/Ext3/Ext4 FS, которые используются в Linux и некоторых Unix системах. Технология Сканирования, которая используется в R-Linux, а также удобный графический интерфейс программы, позволяют пользователю получить полный контроль над процессом восстановления данных. R-Linux может восстановить ваши данные с логических дисков, в том случае, если записи файлов утеряны. Но, в программе полностью отсутствует возможность для восстановления данных по сети.
Особенности программы R-Linux:
- восстановит удаленные файлы после вирусной атаки
- после сбоя электропитания
- после системного сбоя
- с поврежденных или удаленных разделов
- после форматирования раздела HDD
- после форматирования в другой тип фс
- если структура раздела изменена либо повреждена.
Во всех этих случаях R-Linux может просканировать ваш винчестер, найти недавно удаленный либо поврежденный раздел, и только после этих действий восстановить нужные данные с найденного раздела.
GNU R можно запустить в Linux несколькими способами. В данной статье мы опишем запуск R из командной строки, как оконного приложения, в пакетном режиме и из скрипта оболочки. Вы увидите, какие опции требуются для запуска R в linux при выполнении различных задач. Некоторые из них больше подходят для простого статистического анализа, который можно осуществить с помощью одной строки кода, другие - для более сложных задач, которые требуют выполнения большого числа выражений R. В конце концов нам может потребоваться программа, которая будет работать на кластере linux в течение суток или двух. В этом случае мы будем запускать R в фоновом режиме, что позволяет нам выйти из кластера.
2. Запуск R в Linux из командной строки
Вероятно самым простым способом запуска R в Linux является командная строка:
В результате получим следующий вывод:
Здесь показывается версия R, установленная в системе, а также описываются несколько команд, которые созданы для помощи пользователю. Мы не будем останавливаться подробно на этих командах помощи, так как будем иметь с ними дело в следующих статьях. На данный момент мы хотели бы только отметить, что для выхода из R необходимо просто ввести:
При этом вы увидите запрос на сохранение образа рабочего пространства:
Такой способ запуска R подходит для выполнения коротких статистических расчетов, не требующих выполнения большого количества команд.
3. Запуск R в окне приложения
Окно приложения для R под Linux похоже на графический интерфейс пользователя, используемый для других платформ. Введите:
чтобы запустить R в окне приложения. На рисунке ниже показано такое окно под Linux.
Меню окна приложения tk-R предоставляет несколько дополнительных опций. Это установка и загрузка пакетов и исходного кода из файлов. Также здесь есть несколько демонстрационных примеров и доступ к системе помощи. В целом то, что мы видим на рисунке выше - это консоль R. Окно приложения не имеет панели инструментов, однако консоль R позволяет вам вводить выражения (команды), которые интерпретируются системой R, и ответ выводится на экране. Окно приложения похоже на запуск R в командной строке Linux. Как и ранее, у нас не получится автоматизировать процесс ввода большого количества команд.
4. Запуск R в Linux в пакетном режиме
Запуская R в пакетном режиме, мы можем исполнять большие наборы команд и сохранять результат в файл. Давайте создадим нашу первую функцию в R и сохраним ее в файл с названием r-example-function-1.R. Эта функция загружает некоторые данные из файла, применяет к ним экспоненциальную функцию, и сохраняет вывод в соответствующий файл.
Сначала создадим файл r-example-function-1.R, содержащий следующий код:
Скачайте файл gnu-r-example.csv в вашу рабочую директорию.
Теперь вы можете запустить на выполнение команды, включенные в файл r-example-function-1.R, в пакетном режиме:
При этом будет создан файл под именем r-example-function-1.Rout и файл output_gnu-r-example.csv, созданный функцией r_example_function_1(), определенной в файле r-example-function-1.R.
Чтобы получить дополнительную информацию о запуске R из командной строки Linux, введите:
5. Запуск R из скрипта bash
Для запуска R из скрипта оболочки необходимо включить в скрипт функции R и их вызовы. Например, создадим файл r-bash-example.sh:
Теперь сделаем его исполняемым:
и запустим на выполнение:
Обратите внимание, что при необходимости скрипт можно запускать в фоновом режиме:
В результате работы скрипта будет создан файл nohup.out.
6. Заключение
В этой статье мы лишь поверхностно рассмотрели возможные варианты запуска R. Кроме этого, например, R может быть интегрирован в другие языки программирования, такие как Java. Более того, программы на R можно интегрировать и в веб-приложения.
Основанная на новейшей уникальной технологии восстановления данных, R-Studio является наиболее исчерпывающим программным решением для восстановления данных для восстановления файлов из NTFS 4/5, ReFS, FAT 12/16/32, ExFAT, HFS/HFS+ (Macintosh), Little и Big Endian варианты UFS1/UFS2 (FreeBSD/OpenBSD/NetBSD/Solaris) и разделы Ext2/Ext3/Ext4 FS (Linux).
Он также использует RAW-восстановление файлов (сканирование файлов известных типов) для сильно поврежденных и неизвестных файловых систем. Функционирует как на локальных и сетевых дисках, даже если разделы отформатированы, повреждены или удалены. Гибкость настроек параметров дает Вам полный контроль над процессом восстановления данных.
R-Linux является бесплатной программой для восстановления файловых систем Ext2/Ext3/Ext4.
Используемая в R-Linux Технология Сканирования и удобный в установке параметров интерфейс программы дают пользователю абсолютный контроль над процессом восстановления данных. Программа восстанавливает данные с существующих логических дисков, даже если записи файлов утрачены.
R-Linux восстанавливает файлы:
✔ Удаленные в результате вирусной атаки, сбоя питания или повреждения системы;
✔ С поврежденных или удаленных разделов, после форматирования раздела, даже в раздел с другой файловой системой;
✔ Когда структура раздела на диске была изменена или повреждена. В этом случае R-Linux может отсканировать жесткий диск, найти ранее удаленный или поврежденный раздел, а уже затем восстановить данные с найденного раздела.
✔ С жестких дисков, на которых имеется большое число поврежденных секторов. R-Linux позволяет скопировать информацию и создать образ целого диска или его части, а уже затем работать с файлом образа, сохраненным на другом носителе, как с оригинальным диском. Это особенно полезно и эффективно, когда число поврежденных секторов на диске постоянно растет, и необходимо немедленно сохранить оставшуюся информацию
необходимо зарегистрироваться,
для того что бы оставить комментарий
Читайте также: