Установить r studio ubuntu

Обновлено: 07.07.2024

R – это популярный открытый язык программирования, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется в разработке программного обеспечения для сбора статистики и проведения анализа данных. Одним из преимуществ R является его расширяемость. Сообщество R постоянно добавляет новые пользовательские пакеты, которые можно применить для сбора статистики в различных областях науки.

Данный мануал научит вас устанавливать R и добавлять пакеты из Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Требования

Сервер Ubuntu 18.04, настроенный по этому мануалу.
Минимум 1 Гб оперативки.

1: Установка R

Проект R очень быстро развивается, потому версия R, которую можно найти в репозитории Ubuntu, уже устарела. Чтобы получить последнюю версию R, добавьте внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN.

Примечание: CRAN предоставляет надёжную поддержку репозиториев, однако следует помнить, что не все внешние репозитории безопасны. Устанавливайте пакеты только из надёжных источников.

Добавьте GPG ключ:

Executing: /tmp/apt-key-gpghome.4BZzh1TALq/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1

Теперь на сервере есть доверенный ключ, с помощью которого он проверит подлинность репозитория, и можно добавить сам репозиторий:

Примечание: Если вы не используете 18.04, вы можете найти соответствующий репозиторий в этом списке.

В вашем выводе должны быть подобные строки:

Обновите индекс пакетов, чтобы добавить списки пакетов из нового репозитория.

Если в выводе команды вы увидели подобную строку, репозиторий успешно добавлен. Теперь можно установить R:

sudo apt install r-base

Нажмите у, чтобы подтвердить установку.

На момент написания статьи последней версией CRAN является 3.5.1, вы увидите её во время запуска R.

Чтобы библиотеки R были доступны для всех системных пользователей, запустите R как пользователь root. Если вы хотите настроить персональную библиотеку для своего пользователя, запустите команду R без sudo.

Если на экране появился такой вывод, значит, установка R прошла удачно, и теперь вы можете взаимодействовать с интерактивной оболочкой программы.

2: Установка пакетов R из CRAN

Одна из причин популярности R – это огромное количество вспомогательных пакетов и аддонов. Для примера попробуйте установить txtplot, библиотеку графиков ASCII (она включает поддержку точечных, линейных графиков, гистограмм и т.п.).

Примечание: Следующий вывод сообщает расположение пакета:

.
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

Этот путь доступен потому, что ранее вы запустили R как root. Отсюда можно сделать пакет доступным для других пользователей.

После завершения установки можно загрузить txtplot:

Если на экране не появилось уведомлений об ошибках, значит, загрузка библиотеки прошла успешно. Попробуйте поработать с ней и построить простой график с осью меток. В качестве примера используются данные пакета datasets, который

Примечание: Чтобы узнать о txtplot больше, используйте help(txtplot) в интерпретаторе R.

Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о доступных пакетах, изучите список официальных пакетов.

Заключение

Язык программирования R успешно установлен на сервер. Теперь вы можете установить открытый сервер RStudio, интерфейс для R на удаленном сервере Linux, который предоставляет IDE.

Язык программирования с открытым исходным кодом R широко используется для выполнения анализа данных и статистических вычислений. Он поддерживается фондом R Foundation for Statistical Computing и становится все более популярным и расширяемым языком с активным сообществом разработчиков. R предлагает много сгенерированных пользователем пакетов для определенных областей исследований, что позволяет применять его в разных сферах.

В этом обучающем модуле мы выполним установку R и покажем, как добавлять пакеты из официальных архивов Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Предварительные требования

Для прохождения этого обучающего модуля вам потребуется сервер Ubuntu 20.04, имеющий:

не менее 1 Гбайт оперативной памяти
пользователя без привилегий root с привилегиями sudo .

Чтобы выполнить необходимую настройку, воспользуйтесь нашим руководством по первоначальной настройке сервера.

После выполнения всех предварительных требований мы можем начинать.

Шаг 1 — Установка R

Поскольку проект R быстро развивается, в репозиториях Ubuntu не всегда доступна последняя стабильная версия. Поэтому мы начнем с добавления внешнего хранилища, обслуживаемого CRAN.

Примечание. CRAN хранит репозитории в своей сети, но не все внешние репозитории можно считать надежными. Установку следует выполнять только из доверенных источников.

Вначале добавим актуальный ключ GPG.

При запуске этой команды мы получим следующий вывод:

Получив надежный ключ, мы можем добавить репозиторий.

Если вы не используете версию 20.04, найдите подходящий репозиторий в списке R Project Ubuntu, где перечислены имена для каждого выпуска. Версия Ubuntu 20.04 имеет кодовое название Focal Fossa, а последняя версия R — это версия 4.0.0. Поэтому для нижеуказанного репозитория следует использовать правила обозначения имен — focal-cran40 .

Среди отображаемых данных найдите следующие строки:

Теперь нам нужно запустить обновление , чтобы добавить манифесты пакетов из нового репозитория.

Убедитесь, что одна из строк вывода выглядит примерно так:

Если в результате выполнения команды update выводится строка, похожая на описанную выше, это означает, что мы успешно добавили репозиторий. Мы можем быть уверены, что не установим случайно более старую версию.

Теперь мы готовы к установке R с помощью следующей команды.

Введите в диалоге y для подтверждения установки.

На момент написания этого документа последней стабильной версией R от CRAN была версия 4.0.1. Номер версии отображается при запуске R.

Поскольку мы планируем установить пример пакета для каждого пользователя системы, мы запустим R от имени пользователя root, чтобы библиотеки были автоматически доступны всем пользователям. Если вы запустите команду R без привилегий sudo , для вашего пользователя можно будет настроить личную библиотеку.

Это подтверждает, что мы успешно установили R и вошли в интерактивную оболочку.

Шаг 2 — Установка пакетов R от CRAN

Одно из преимуществ R — большое количество доступных дополнительных пакетов. Для демонстрационных целей мы установим библиотеку txtplot , которая выводит графики ASCII, включая элементы scatterplot, line plot, density plot, acf и bar chart:

Примечание. На следующем экране показано, где будет установлен пакет.

Этот глобальный путь доступен, поскольку мы запустили R от имени пользователя root. Это расположение делает пакет доступным для всех пользователей.

После завершения установки мы можем выполнить загрузку txtplot :

Если вы хотите узнать больше о txtplot , используйте команду help(txtplot) в интерпретаторе R.

Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью команды install.packages() . Чтобы узнать больше о доступных пакетах, воспользуйтесь официальным перечнем пакетов, отсортированных по имени, в списке Доступные пакеты CRAN по именам.

Для выхода изR введите q() . Нажмите n в диалоге, если не хотите сохранять образ рабочего пространства.

Заключение

После успешной установки R на сервере вас может заинтересовать руководство по установке RStudio Server, помогающее установить среду IDE для только что развернутой серверной системы. Также вы можете узнать больше о настройке сервера Shiny server для конвертации кода R в интерактивные веб-страницы.

Дополнительную информацию об установке пакетов R с помощью различных инструментов можно найти в указаниях по установке из GitHub, BitBucket или других репозиториев. Это позволит вам использовать последние наработки активного сообщества.

При работе с большими массивами информации очень часто приходиться использовать язык программирования, в моем случае это язык R, для сбора, подготовки и последующей обработки данных. Сначала, мне вполне хватало desktop версии R-studio, и пакета taskscheduleR для автоматического запуска скриптов на моём компьютере. Но в какой-то момент количество таких скриптов стало большим и все обновления зависели от того, включен ли мой компьютер. В этот момент я и задумался об установке R на сервер. Для своих потребностей я решил использовать сервер в Google Cloud Platform.

Примечание: Справедливости ради, стоит сказать, что во время установки R на сервер Google Cloud Platform и поисков информации о том, как это сделать, я наткнулся на статью в блоге Netpeak, в которой рассказано как сделать подобное, но при работе с этой статьей у меня все равно возникли сложности, о которых не говорилось в статье.

Итак, о чем мы поговорим:

Создание виртуальной машины в Google Cloud Platform

Если вы решили создать сервер на Google Cloud Platform, то первым делом нужно подобрать и настроить для этих целей виртуальную машину. И здесь Google предоставляет огромный выбор, а ко всему и бесплатный тестовый период равный одному году.

Если вы первый раз используете GCP в своей работе, то перед тем, как приступать к созданию экземпляра виртуальной машины необходимо создать проект, и включить биллинг. Даже если вы используете бесплатный тестовый период, все равно нужно будет привязать свою карту. Денег при этом Google обязуется не снимать 😉 Карта всего лишь подтверждает, что вы реальный человек.

Теперь, когда с формальностями покончено, давайте приступим.

Переходим в консоль GCP на страницу виртуальных машин и выбираем пункт “Create instance”

В открывшемся окне задаем нужные нам параметры:

Рядом, справа, будет указана примерная стоимость за использование виртуальной машины с заданными параметрами.

Не забудьте нажать на кнопку “Create”. Через некоторое время наша машина будет создана.

Установка R и R Studio на сервер Google Cloud Platform

Чтобы начать работу с только что созданной виртуальной машиной необходимо подключиться к ней по SSH (сетевой протокол, название которого происходит от слов Secure Shell). Он шифрует весь трафик, включая и передаваемые пароли. Для этого достаточно кликнуть на соответствующий пункт в меню:

И в новом окне браузера откроется… Матрица ))

Первое что я подумал, увидев это окно “вот она матрица”. Но пообщавшись с программистами и узнав у них некоторые детали, я понял, что это все не так страшно и сейчас вы в этом убедитесь.

Интересно: В большинстве команд, которые мы дальше будем использовать в начале будет указана команда “sudo”, которая позволяет запускать команды от имени суперпользователя root.

Необходимо понимать, что помимо главного репозитория, содержащего все пакеты от разработчиков дистрибутива Ubuntu, существует и масса других источников пакетов. Одним из таких является пакет R. Добавление такого стороннего пакета происходит в 4 этапа:

RStudio - интегрированная среда разработки (IDE), для языка программирования R, посвященного статистическим вычислениям и графике. Он включает консоль, редактор синтаксиса, который поддерживает выполнение кода, а также инструменты для построения графиков, отладки и управления рабочим пространством.

RStudio доступен для Windows, Mac и Linux или для браузеров, подключенных к RStudio Server или RStudio Server Pro (Debian / Ubuntu, RedHat / CentOS и SUSE Linux). RStudio ставит перед собой задачу предоставить среду статистических вычислений R. Она позволяет анализировать и разрабатывать данные для всех, кто анализирует данные с помощью R.

IDE он доступен в настольной и серверной конфигурациях. Разместив конфигурацию сервера (RStudio Server) на Linode, вы можете получить доступ к IDE с любого компьютера с доступом в Интернет.

Поскольку анализ данных часто использует большие наборы данных и может быть дорогостоящим с точки зрения вычислений, обслуживание ваших данных и выполнение сценариев R с удаленного сервера может быть более эффективным, чем работа с персонального компьютера.

Кроме того, доступна профессиональная версия, позволяющая совместно использовать проект и редактировать код одновременно для нескольких пользователей.

Среди основных возможностей Rstudio можно выделить следующие:

IDE, созданная специально для R

Подсветка синтаксиса, автозаполнение кода и интеллектуальный отступ.
Запустите код R прямо из редактора исходного кода.
Быстрый переход к определенным функциям.

сотрудничество

Документация и комплексная поддержка.
Простое администрирование нескольких рабочих каталогов через проекты.
Навигация по рабочим пространствам и просмотрщик данных.

Мощные средства разработки и отладки.

Интерактивный отладчик для быстрой диагностики и исправления ошибок.
Обширные инструменты разработки.
Авторство с Sweave и R Markdown.

Как установить среду разработки RS Studio в Linux?

Для тех из вас, кто заинтересован в установке среды разработки RS Studio в Linux, Они могут сделать это, следуя инструкциям, которые мы приводим ниже.

В то время как 32-битная версия сервера такова:

В случае с пользователями этих же версий, но в Для 64-битной архитектуры пакет для вашей системы выглядит следующим образом:

Версия 64-битного сервера такова:

В случае тех Они используют версии позже 14.04 LTS и являются пользователями Debian 9. Существует только один 64-битный пакет, который они могут загрузить, выполнив следующую команду:

Чтобы скачать серверную версию:

Сделано скачивание Вы можете установить этот пакет с помощью вашего любимого менеджера пакетов или из самого терминала, выполнив следующую команду:

sudo dpkg -i rstudio.deb

Чтобы решить любую проблему с зависимостями, вам просто нужно запустить команду:

sudo apt-get install -f

В случае использования серверной версии они выполняют следующее:

Теперь о тех, кто Пользователи Fedora, CentOS, RHEL, openSUSE или любого дистрибутива Linux с поддержкой пакетов RPM, пакет для 32-разрядных пользователей выглядит следующим образом:

Пока пакет для тех, кто Пользователи 64-битной системы скачивают его, выполнив следующую команду:

Наконец, чтобы установить загруженный пакет в систему, это можно установить, выполнив следующую команду:

sudo rpm -i rstudio.rpm

Те, кто является пользователями openSUSE, если у них возникнут проблемы с приведенной выше командой, они могут использовать эту команду для установки.

sudo zypper install rstudio.rpm

Наконец, узнать немного больше об установке и управлении серверной версией можно проверьте следующую ссылку.

Содержание статьи соответствует нашим принципам редакционная этика. Чтобы сообщить об ошибке, нажмите здесь.

Полный путь к статье: Из Linux » приложений » Rstudio - IDE для языка программирования R в Linux

Читайте также: