Что такое gff файл

Обновлено: 06.07.2024

Советы по открытию GFF Files

Когда вам нужно открыть файлы GFF, начните с двойного щелчка по нему. Ваш компьютер попытается открыть его автоматически. Если это не сработает, попробуйте следующие советы.

Установить необязательные продукты - File Magic (Solvusoft) | EULA | Privacy Policy | Terms | Uninstall

1. Загрузите еще одну программу.

Различные расширения файлов работают с разными программами, и может быть сложно определить, какая программа открывает файлы. Вот несколько программ, которые обычно работают с файлами GFF:

  • SignalMap Gene-Finding Format Data File (NimbleGen Systems Inc.)

Вы можете загрузить одну из этих программ с веб-сайта разработчика программного обеспечения.

2. Посмотрите на тип файла.

Тип файла иногда может сообщить вам, какая программа может открыть файл. Если у вас есть файлы GFF, они, скорее всего, являются типами Uncommon Files. Программа, работающая с Uncommon Files, должна открывать файлы GFF.

Не знаете тип файла? Вы можете найти его, щелкнув правой кнопкой мыши файл и выбрав «Свойства» или «Дополнительная информация». Тип файла будет указан в разделе «Тип файла» или «Вид».

3. Обратитесь к разработчику программного обеспечения.

Попробуйте связаться с разработчиком одной из упомянутых выше программ. Они могут помочь вам понять, почему ваш файл GFF не открывается. Ниже перечислены некоторые из наиболее распространенных разработчиков.

Программного обеспечения разработчик
SignalMap Gene-Finding Format Data File (NimbleGen Systems Inc.) GFF

4. Установите универсальный просмотрщик файлов.

Универсальные файловые зрители могут открывать много разных типов файлов в зависимости от формата. Если ваш файл GFF не открывается, попробуйте установить универсальный просмотрщик файлов, например File Magic (Download). Некоторые файлы не совместимы с универсальными файловыми программами. Эти файлы будут открываться только в двоичном формате.

Рекомендуем

Установить необязательные продукты - File Magic (Solvusoft) | EULA | Privacy Policy | Terms | Uninstall

Microsoft Partner Silver Application Development

Открывает все ваши файлы, как
МАГИЯ! 1

Установить необязательные продукты - File Magic (Solvusoft)
EULA | Privacy Policy | Terms | Uninstall

1 Типы файлов, которые не поддерживаются, могут быть открыты в двоичном формате.

Просмотр файлов


Программы, которые поддерживают GFF расширение файла

Следующий список функций GFF -совместимых программ. GFF файлы можно встретить на всех системных платформах, включая мобильные, но нет гарантии, что каждый из них будет должным образом поддерживать такие файлы.

Программы, обслуживающие файл GFF

Как открыть файл GFF?

Причин, по которым у вас возникают проблемы с открытием файлов GFF в данной системе, может быть несколько. Что важно, все распространенные проблемы, связанные с файлами с расширением GFF, могут решать сами пользователи. Процесс быстрый и не требует участия ИТ-специалиста. Мы подготовили список, который поможет вам решить ваши проблемы с файлами GFF.

Шаг 1. Установите NimbleGen программное обеспечение

Install software to open GFF file

Проблемы с открытием и работой с файлами GFF, скорее всего, связаны с отсутствием надлежащего программного обеспечения, совместимого с файлами GFF на вашем компьютере. Наиболее очевидным решением является загрузка и установка NimbleGen или одной из перечисленных программ: SignalMap. Выше вы найдете полный список программ, которые поддерживают GFF файлы, классифицированные в соответствии с системными платформами, для которых они доступны. Если вы хотите загрузить установщик NimbleGen наиболее безопасным способом, мы рекомендуем вам посетить сайт Roche NimbleGen, Inc. и загрузить его из официальных репозиториев.

Шаг 2. Убедитесь, что у вас установлена последняя версия NimbleGen

Update software that support file extension GFF

Вы по-прежнему не можете получить доступ к файлам GFF, хотя NimbleGen установлен в вашей системе? Убедитесь, что программное обеспечение обновлено. Разработчики программного обеспечения могут реализовать поддержку более современных форматов файлов в обновленных версиях своих продуктов. Это может быть одной из причин, по которой GFF файлы не совместимы с NimbleGen. Последняя версия NimbleGen должна поддерживать все форматы файлов, которые совместимы со старыми версиями программного обеспечения.

Шаг 3. Свяжите файлы SignalMap Gene-Finding Format (GFF) Data с NimbleGen

После установки NimbleGen (самой последней версии) убедитесь, что он установлен в качестве приложения по умолчанию для открытия GFF файлов. Процесс связывания форматов файлов с приложением по умолчанию может отличаться в деталях в зависимости от платформы, но основная процедура очень похожа.

Associate software with GFF file on Windows

Выбор приложения первого выбора в Windows

  • Нажатие правой кнопки мыши на GFF откроет меню, из которого вы должны выбрать опцию Открыть с помощью
  • Выберите Выбрать другое приложение → Еще приложения
  • Чтобы завершить процесс, выберите Найти другое приложение на этом. и с помощью проводника выберите папку NimbleGen. Подтвердите, Всегда использовать это приложение для открытия GFF файлы и нажав кнопку OK .

Выбор приложения первого выбора в Mac OS

Шаг 4. Убедитесь, что GFF не неисправен

Если вы выполнили инструкции из предыдущих шагов, но проблема все еще не решена, вам следует проверить файл GFF, о котором идет речь. Отсутствие доступа к файлу может быть связано с различными проблемами.

Check GFF file for viruses

1. GFF может быть заражен вредоносным ПО - обязательно проверьте его антивирусом.

Если файл заражен, вредоносная программа, находящаяся в файле GFF, препятствует попыткам открыть его. Рекомендуется как можно скорее сканировать систему на наличие вирусов и вредоносных программ или использовать онлайн-антивирусный сканер. Если файл GFF действительно заражен, следуйте инструкциям ниже.

2. Убедитесь, что структура файла GFF не повреждена
3. Проверьте, есть ли у пользователя, вошедшего в систему, права администратора.

Существует вероятность того, что данный файл может быть доступен только пользователям с достаточными системными привилегиями. Войдите в систему, используя учетную запись администратора, и посмотрите, решит ли это проблему.

4. Убедитесь, что ваше устройство соответствует требованиям для возможности открытия NimbleGen

Если в системе недостаточно ресурсов для открытия файлов GFF, попробуйте закрыть все запущенные в данный момент приложения и повторите попытку.

5. Проверьте, есть ли у вас последние обновления операционной системы и драйверов

Современная система и драйверы не только делают ваш компьютер более безопасным, но также могут решить проблемы с файлом SignalMap Gene-Finding Format (GFF) Data. Возможно, что одно из доступных обновлений системы или драйверов может решить проблемы с файлами GFF, влияющими на более старые версии данного программного обеспечения.

Вы хотите помочь?

Если у Вас есть дополнительная информация о расширение файла GFF мы будем признательны, если Вы поделитесь ею с пользователями нашего сайта. Воспользуйтесь формуляром, находящимся здесь и отправьте нам свою информацию о файле GFF.

В таблице ниже предоставляет полезную информацию о расширение файла .gff. Он отвечает на вопросы такие, как:

  • Что такое файл .gff?
  • Какое программное обеспечение мне нужно открыть файл .gff?
  • Как файл .gff быть открыты, отредактированы или напечатано?
  • Как конвертировать .gff файлов в другой формат?

Оглавление

Мы надеемся, что вы найдете на этой странице полезный и ценный ресурс!

3 расширений и 0 псевдонимы, найденных в базе данных

.gff
.gff
Описание (на английском языке):
GFF file is a General Feature Format File. The general feature format (GFF) is a file format used for describing genes and other features of DNA, RNA and protein sequences. .gff
Описание (на английском языке):
GFF file is a NimbleGen GFF Report Data. Roche NimbleGen is an innovator in genomics focused on developing target enrichment solutions for next-generation sequencing.

Другие типы файлов могут также использовать расширение файла .gff.

По данным Поиск на нашем сайте эти опечатки были наиболее распространенными в прошлом году:

bff , ff , fff , fgf , gbf , gcf , gdf , gef , gf , gfb , gfc , gfd , gfe , gfg , gfr

Это возможно, что расширение имени файла указано неправильно?

Мы нашли следующие аналогичные расширений файлов в нашей базе данных:

Windows не удается открыть этот файл:

Чтобы открыть этот файл, Windows необходимо знать, какую программу вы хотите использовать для его открытия.

Если вы не знаете как настроить сопоставления файлов .gff, проверьте FAQ.

Изменение имени файла расширение файла не является хорошей идеей. Когда вы меняете расширение файла, вы изменить способ программы на вашем компьютере чтения файла. Проблема заключается в том, что изменение расширения файла не изменяет формат файла.

Если у вас есть полезная информация о расширение файла .gff, напишите нам!

В биоинформатики , то общий формат функции ( формат гена-вывод , универсальный формат функция , GFF ) представляет собой формат файла используется для описания генов и другие особенности ДНК , РНК и белковые последовательности.

СОДЕРЖАНИЕ

Версии GFF

Существуют следующие версии GFF:

  • Общий формат функций версии 2 , как правило, не рекомендуется
    • Gene Transfer Format 2.2 , производная от Ensembl
    • Формат вариации генома с дополнительными прагмами и атрибутами для функций sequence_alteration

    GFF2 / GTF имел ряд недостатков, в частности, то, что он может представлять только двухуровневую иерархию признаков и, таким образом, не может обрабатывать трехуровневую иерархию ген → транскрипт → экзон. GFF3 устраняет этот и другие недостатки. Например, он поддерживает произвольное количество иерархических уровней и придает определенные значения определенным тегам в поле атрибутов.

    GTF идентичен GFF, версия 2.

    Общая структура GFF

    Все форматы GFF (GFF2, GFF3 и GTF) являются вкладка разделителями с 9 полей в каждой строке. Все они имеют одинаковую структуру для первых 7 полей, но различаются содержанием и форматом девятого поля . Общая структура следующая:

    Общая структура GFF
    Индекс позиции Название должности Описание
    1 последовательность Название последовательности, в которой расположен объект.
    2 источник Ключевое слово, определяющее источник функции, например программу (например, Augustus или RepeatMasker ) или организацию (например, TAIR ).
    3 характерная черта Название типа функции, например «ген» или «экзон». В хорошо структурированном файле GFF все дочерние функции всегда следуют за своими родителями в едином блоке (поэтому все экзоны транскрипции помещаются после их родительской характерной строки «транскрипта» и перед любой другой родительской строкой транскрипции). В GFF3 все функции и их отношения должны быть совместимы со стандартами, выпущенными Sequence Ontology Project .
    4 Начало Геномное начало признака со смещением в 1 основание . Это контрастирует с другими полуоткрытыми форматами последовательностей с нулевым смещением, такими как BED .
    5 конец Геномный конец признака со смещением в 1 основание . Это та же конечная координата, что и в полуоткрытых форматах последовательности с нулевым смещением, таких как BED .
    6 счет Числовое значение, которое обычно указывает на достоверность источника аннотированного объекта. Значение "." (точка) используется для определения нулевого значения.
    7 прядь Одиночный символ, обозначающий нить объекта; он может принимать значения «+» (положительное, или 5 '-> 3'), «-», (отрицательное, или 3 '-> 5'), «.» (не определено).
    8 фаза фаза функций CDS; это может быть одно из значений 0, 1, 2 (для функций CDS) или "." (для всего остального). См. Раздел ниже для подробного объяснения.
    9 атрибуты Вся остальная информация, относящаяся к этой функции. Формат, структура и содержание этого поля больше всего различаются между тремя конкурирующими форматами файлов.

    Восьмое поле: этап возможностей CDS

    Проще говоря, CDS означает «последовательность кодирования». Точное значение термина определяется онтологией последовательностей (SO). Согласно спецификации GFF3 :

    Для признаков типа «CDS» фаза указывает, где признак начинается со ссылкой на рамку считывания. Фаза - это одно из целых чисел 0, 1 или 2, указывающее количество оснований, которые должны быть удалены из начала этого признака, чтобы достичь первого основания следующего кодона.

    Мета-директивы

    Программное обеспечение GFF

    Серверы

    Серверы, которые генерируют этот формат:

    Сервер Пример файла
    UniProt [1]

    Клиенты

    Клиенты, использующие этот формат:

    Проверка

    В проекте modENCODE размещен онлайн-инструмент проверки GFF3 с большими лимитами 286,10 МБ и 15 миллионами строк.

    Коллекция программного обеспечения Genome Tools содержит инструмент gff3validator , который можно использовать в автономном режиме для проверки и, возможно, очистки файлов GFF3. Служба проверки интернет также доступна.

    В биоинформатики , то общий формат функции ( формат гена-вывод , универсальный формат функция , GFF ) представляет собой формат файла используется для описания генов и другие особенности ДНК , РНК и белковые последовательности.

    СОДЕРЖАНИЕ

    Версии GFF

    Существуют следующие версии GFF:

    • Общий формат функций версии 2 , как правило, не рекомендуется
      • Gene Transfer Format 2.2 , производная от Ensembl
      • Формат вариации генома с дополнительными прагмами и атрибутами для функций sequence_alteration

      GFF2 / GTF имел ряд недостатков, в частности, то, что он может представлять только двухуровневую иерархию признаков и, таким образом, не может обрабатывать трехуровневую иерархию ген → транскрипт → экзон. GFF3 устраняет этот и другие недостатки. Например, он поддерживает произвольное количество иерархических уровней и придает определенные значения определенным тегам в поле атрибутов.

      GTF идентичен GFF, версия 2.

      Общая структура GFF

      Все форматы GFF (GFF2, GFF3 и GTF) являются вкладка разделителями с 9 полей в каждой строке. Все они имеют одинаковую структуру для первых 7 полей, но различаются содержанием и форматом девятого поля . Общая структура следующая:

      Общая структура GFF
      Индекс позиции Название должности Описание
      1 последовательность Название последовательности, в которой расположен объект.
      2 источник Ключевое слово, определяющее источник функции, например программу (например, Augustus или RepeatMasker ) или организацию (например, TAIR ).
      3 характерная черта Название типа функции, например «ген» или «экзон». В хорошо структурированном файле GFF все дочерние функции всегда следуют за своими родителями в едином блоке (поэтому все экзоны транскрипции помещаются после их родительской характерной строки «транскрипта» и перед любой другой родительской строкой транскрипции). В GFF3 все функции и их отношения должны быть совместимы со стандартами, выпущенными Sequence Ontology Project .
      4 Начало Геномное начало признака со смещением в 1 основание . Это контрастирует с другими полуоткрытыми форматами последовательностей с нулевым смещением, такими как BED .
      5 конец Геномный конец признака со смещением в 1 основание . Это та же конечная координата, что и в полуоткрытых форматах последовательности с нулевым смещением, таких как BED .
      6 счет Числовое значение, которое обычно указывает на достоверность источника аннотированного объекта. Значение "." (точка) используется для определения нулевого значения.
      7 прядь Одиночный символ, обозначающий нить объекта; он может принимать значения «+» (положительное, или 5 '-> 3'), «-», (отрицательное, или 3 '-> 5'), «.» (не определено).
      8 фаза фаза функций CDS; это может быть одно из значений 0, 1, 2 (для функций CDS) или "." (для всего остального). См. Раздел ниже для подробного объяснения.
      9 атрибуты Вся остальная информация, относящаяся к этой функции. Формат, структура и содержание этого поля больше всего различаются между тремя конкурирующими форматами файлов.

      Восьмое поле: этап возможностей CDS

      Проще говоря, CDS означает «последовательность кодирования». Точное значение термина определяется онтологией последовательностей (SO). Согласно спецификации GFF3 :

      Для признаков типа «CDS» фаза указывает, где признак начинается со ссылкой на рамку считывания. Фаза - это одно из целых чисел 0, 1 или 2, указывающее количество оснований, которые должны быть удалены из начала этого признака, чтобы достичь первого основания следующего кодона.

      Мета-директивы

      Программное обеспечение GFF

      Серверы

      Серверы, которые генерируют этот формат:

      Сервер Пример файла
      UniProt [1]

      Клиенты

      Клиенты, использующие этот формат:

      Проверка

      В проекте modENCODE размещен онлайн-инструмент проверки GFF3 с большими лимитами 286,10 МБ и 15 миллионами строк.

      Коллекция программного обеспечения Genome Tools содержит инструмент gff3validator , который можно использовать в автономном режиме для проверки и, возможно, очистки файлов GFF3. Служба проверки интернет также доступна.

      Читайте также: