Pdb файл что это

Обновлено: 29.06.2024

This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.

Что такое PDB файл?

Файл PDB - это файл базы данных, используемый различными приложениями, включая Pegasus, Quicken, MS Visual Studio и программное обеспечение Palm Pilot. Он хранит данные в структурированном формате и обычно устанавливается с соответствующим приложением.

Файлы PDB, используемые различными программами, обычно сохраняются в проприетарном формате, то есть они могут быть открыты только программой, с которой они были установлены. Например, файл Intuit Quicken PDB не распознается Microsoft Visual Studio.

Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе сам. Информация о символе состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и линией, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.

Тип файла2 Protein Data Bank File

This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.

.PDB вариант № 2

Файл данных, созданный в формате банка белков (PDB); хранит 3D-координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Исследовательской коллегией для структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка данных протеина доступны через Всемирный банк данных о белках (wwPDB), организации, которая архивирует макромолекулы и свободно распространяет их.

ПРИМЕЧАНИЕ. Файлы PDB часто просматриваются в пределах Java-апплет, который использует Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми плагинами браузера молекулярного просмотра.

Файлы базы данных программ (PDB) также называются файлами символов и используются для сопоставления идентификаторов и инструкций в исходном коде вашего проекта с соответствующими идентификаторами и инструкциями в скомпилированных приложениях. С помощью этих файлов отладчик связывается с исходным кодом, что позволяет выполнять его отладку.

При создании проекта из интегрированной среды разработки Visual Studio со стандартной конфигурацией отладочной сборки компилятор создает необходимые файлы символов. В этой статье описывается, как управлять файлами символов в интегрированной среде разработки, например, как указать расположение символов в параметрах отладчика, как проверить состояние загрузки символов во время отладки и как задать параметры символов в коде.

Подробные сведения о файлах символов см. в следующих статьях:

Принципы использования файлов символов

PDB-файл содержит отладочные данные и сведения о состоянии проекта, позволяющие выполнять инкрементную компоновку отладочной конфигурации приложения. Отладчик Visual Studio использует PDB-файлы для определения двух ключевых элементов информации во время отладки:

Имя исходного файла и номер строки, которая отображается в интегрированной среде разработки Visual Studio.
Расположение точки останова в приложении.

В файлах символов также указываются расположение исходных файлов и при необходимости сервер, с которого они будут извлекаться.

Отладчик загружает только те PDB-файлы, которые точно соответствуют PDB-файлам, созданным при построении приложения (то есть исходные PDB-файлы или их копии). Точное дублирование является обязательным, поскольку компоновка приложения может быть изменена даже в том случае, если сам код не изменялся.

Если требуется выполнить отладку кода за пределами исходного кода проекта, например кода Windows или стороннего кода, вызываемого проектом, необходимо указать расположение PDВ-файлов (и, если необходимо, исходных файлов) для внешнего кода, причем эти файлы должны точно соответствовать сборкам вашего приложения.

Расположение файлов символов и поведение при загрузке

При отладке проекта в интегрированной среде разработки Visual Studio отладчик автоматически загружает файлы символов, расположенные в папке проекта.

При отладке управляемого кода на удаленном устройстве все необходимые файлы символов должны находиться либо на локальном компьютере, либо в расположении, указанном в параметрах отладчика.

Отладчик также ищет файлы символов в следующих местах:

Расположение, указанное в библиотеке DLL или в исполняемом файле (EXE).

По умолчанию, если на компьютере производится сборка библиотеки DLL или исполняемого файла (EXE), компоновщик помещает полный путь и имя связанного PDB-файла в библиотеку DLL или в EXE-файл. Отладчик проверяет, присутствует ли файл символов в этом расположении.

Папка, в которой располагается сам DLL- или EXE-файл.

Любые расположения, указанные в параметрах отладчика для файлов символов. Сведения о добавлении и активации расположений символов см. в разделе Настройка расположения символов и параметров загрузки.

Любая папка локального кэша символов.

Указанные серверы и расположения символов — локальные, сетевые или в Интернете — такие как серверы символов корпорации Майкрософт, если эта возможность включена. Visual Studio может загружать отладочные файлы символов с серверов символов, которые реализуют протокол symsrv . Visual Studio Team Foundation Server и средства отладки для Windows — это два средства, которые могут использовать серверы символов.

Возможно использование следующих серверов символов:

Серверы символов во внутренней сети или на локальном компьютере Команда разработчиков или компания может создавать серверы символов для собственных продуктов и поддерживать кэш для символов из внешних источников. Можно иметь сервер символов на собственном компьютере.

Сторонние серверы символов Сторонние поставщики приложений Windows и библиотек могут предоставить доступ к серверу символов в Интернете.

При использовании сервера символов, отличного от общедоступных серверов корпорации Майкрософт, следует убедиться в том, что сервер и его путь заслуживают доверия. Поскольку файлы символов могут содержать произвольный исполняемый код, возможно возникновение угроз безопасности.

Настройка расположения символов и параметров загрузки

На странице Сервис > Параметры > Отладка > Символы можно выполнить следующие действия.

Указать и выбрать пути поиска и серверы символов для компонентов Майкрософт, Windows или сторонних производителей.
Указать модули, для которых отладчик будет или не будет автоматически загружать символы.
Эти параметры можно изменять во время выполнения отладки. См. раздел Управление символами при отладке.

Указание расположения символов и параметров загрузки:

В Visual Studio откройте меню Сервис > Параметры > Отладка > Символы (или Отладка > Параметры > Символы).

В разделе Места размещения файлов символов (.pdb) :

Чтобы добавить новое расположение сервера символов:

Поиск выполняется только в указанной папке. Любые вложенные папки, в которых требуется осуществлять поиск, должны быть внесены в список.

Добавление нового расположения сервера символов VSTS:

Чтобы изменить порядок загрузки для расположений символов, используйте клавиши CTRL+СТРЕЛКА ВВЕРХ и CTRL+СТРЕЛКА ВНИЗ либо значки со стрелками вверх и вниз.

Чтобы изменить URL-адрес или путь, дважды щелкните элемент или выберите его и нажмите клавишу F2.

Чтобы удалить элемент, выделите его и щелкните значок - .

Необязательно: чтобы повысить производительность загрузки символов, перейдите в раздел Кэшировать символы в этом каталоге и введите путь к локальной папке, в которую серверы символов могут копировать символы.

Не размещайте локальный кэш символов в защищенной папке, такой как C:\Windows или вложенные папки. Вместо этого следует использовать папку, для которой разрешены чтение и запись.

Если для проекта C++ задана переменная среды _NT_SYMBOL_PATH , она переопределяет значение, заданное в разделе Кэшировать символы в этом каталоге.

Укажите модули, которые отладчик должен загружать из расположений файлов символов (. pdb) при запуске.

Выберите Все модули, кроме исключенных (значение по умолчанию), чтобы загружать все символы для всех модулей, кроме тех, что были явно исключены. Чтобы исключить конкретные модули, выберите Укажите исключенные модули, щелкните значок + , введите имена исключаемых модулей и нажмите кнопку ОК.

Чтобы загружать из расположений файлов символов только заданные модули, выберите Загружать только указанные модули. Выберите Укажите включенные модули, щелкните значок + , введите имена включаемых модулей и нажмите кнопку ОК. Файлы символов для других модулей не загружаются.

Другие параметры символов для отладки

Для настройки дополнительных параметров символов перейдите в раздел Сервис > Параметры > Отладка > Общие (или Отладка > Параметры > Общие):

Загружать экспорты из DLL (только машинный код)

Загружает таблицы экспорта библиотеки DLL для C/C++. Дополнительные сведения см. в разделе Таблицы экспорта библиотеки DLL. Поскольку на чтение данных экспорта для библиотеки DLL затрачиваются определенные ресурсы, по умолчанию загрузка таблиц экспорта отключена. Кроме того, вы можете использовать dumpbin /exports в командной строке сборки C/C++.

Включить отладку на уровне адреса и Показывать дизассемблированный код, если исходный код недоступен

Дизассемблированный код отображается во всех случаях, когда исходные файлы или файлы символов не найдены.

Включить поддержку сервера системы управления версиями

Если исходный код на локальном компьютере отсутствует или PDB-файл не соответствует исходному коду, при отладке приложения используется сервер системы управления версиями. Сервер системы управления версиями принимает запросы на файлы и возвращает сами файлы из этой системы. Сервер системы управления версиями использует для работы библиотеку srcsrv.dll, которая нужна для чтения PDB-файла приложения. Этот PDB-файл содержит указатели на репозиторий исходного кода, а также команды, используемые для получения исходного кода из репозитория.

Чтобы ограничить набор команд, которые библиотека srcsrv.dll может исполнять из PDB-файла приложения, можно включить список допустимых команд в файл srcsrv.ini. Поместите файл srcsrv.ini в ту же папку, что и файлы srcsrv.dll и devenv.exe.

В PDB-файл приложения можно внедрять произвольные команды, поэтому убедитесь, что в файл srcsrv.ini включены только те из них, которые требуется выполнять. Любая попытка выполнить команду не из файла srcsvr.ini вызовет диалоговое окно подтверждения. Дополнительные сведения см. в статье Предупреждение системы безопасности. Отладчик должен выполнить команду без доверия.

Параметры команд не проверяются, поэтому будьте внимательны с доверенными командами. Например, если вы включили команду cmd.exe в файл srcsrv.ini, пользователь-злоумышленник может указать параметры, которые сделают выполнение команды cmd.exe опасным.

Выберите этот элемент и нужные дочерние элементы. Параметры Разрешить выполнение частично доверенных сборок (только управляемых) на сервере системы управления версиями и Всегда выполнять ненадежные команды исходного сервера без запроса могут повысить риски безопасности, описанные выше.

Параметры символов для компилятора

Если при выполнении сборки проекта из интегрированной среды разработки Visual Studio используется стандартная конфигурация сборки Отладка, компилятор C++ и управляемые компиляторы создают соответствующие файлы символов для кода. Параметры компилятора также можно задать в коде.

Параметры C/C++

PDB-файл для C/C++ создается при сборке с параметрами /ZI или /Zi. В Visual C++ параметр /Fd присваивает имя PDB-файлу, который создается компилятором. При создании проекта в Visual Studio с использованием интегрированной среды разработки используется параметр /Fd с целью создания PDB-файла с именем <project>.pdb.

При сборке приложения, написанного на C/C++, с использованием файла makefile и указанием параметра /ZI или /Zi без /Fd компилятор создает два описанных ниже PDB-файла:

VC<x>.pdb, где <x> представляет версию компилятора Microsoft C++, например VC11.pdb.

Файл VC<x>.pdb хранит все отладочные данные для отдельных объектных файлов и располагается в том же каталоге, что и файл makefile проекта. Каждый раз, создавая объектный файл, компилятор C/C++ добавляет отладочную информацию в файл VC<x>.pdb. Поэтому, даже если исходный файл включает общие файлы заголовков, такие как <windows.h> , определения типов (typedef) из этих заголовков сохраняются только один раз, а не включаются в каждый объектный файл. Вставляемая информация включает информацию о типах, но не включает символьную информацию, такую как определения функций.

Файл <project>.pdb содержит все отладочные данные из EXE-файла проекта и располагается в подкаталоге \debug. Файл <project>.pdb содержит полные отладочные данные, включая прототипы функций, а не только сведения о типах, содержащиеся в файле <x>.pdb.

Файлы VC<x>.pdb и <project>.pdb поддерживают добавочные обновления. Компоновщик также включает путь к PDB-файлам в EXE-файл или DLL-файл, которые он создает.

Таблицы экспорта библиотеки DLL

В выходных данных команды dumpbin /exports можно увидеть точное имя функции, включая символы, отличные от буквенно-цифровых. Просмотр точных имен функций полезен для задания точки останова в функции, поскольку в отладчике имена функций могут быть усечены в других местах. Дополнительные сведения см. в разделе dumpbin /exports.

Веб-приложения

Управление символами при отладке

Для загрузки символов или изменения параметров символов во время отладки можно использовать окна Модули, Стек вызовов, Локальные, Видимые или Контрольные значения. Дополнительные сведения см. в разделе Дополнительные сведения о присоединении отладчика к приложению.

Работа с символами в окне "Модули"

В процессе отладки в окне Модули можно узнать, какие модули будут рассматриваться отладчиком в качестве пользовательского кода (или "моего кода"), а также проверить состояние загрузки символов для них. Кроме того, в окне Модули вы можете отслеживать состояние загрузки символов, загружать символы и изменять параметры символов.

Отслеживание или изменение расположений и параметров символов во время отладки:

Чтобы открыть окно Модули во время отладки, выберите Отладка > Окна > Модули (или нажмите клавиши CTRL + ALT + U).
В окне Модули щелкните правой кнопкой мыши заголовки Состояние символов или Файл символов либо любой модуль.
В контекстном меню выберите один из следующих вариантов:

Использование страниц "Символы не загружены" или "Нет исходного кода"

Отладчик может прервать выполнение в коде, для которого отсутствуют файлы символов или исходные файлы, в результате любого из следующих событий:

Шаг с заходом в код.
Приостановка выполнения кода из-за точки останова или исключения.
Переключение на другой поток.
Изменение кадра стека двойным щелчком по кадру в окне Стек вызовов.

Когда происходит любое из этих событий, отладчик отображает страницу Символы не загружены или Нет исходного кода, чтобы помочь найти и загрузить необходимые символы или исходный код.

Использование страницы "Символы не загружены" для поиска и загрузки отсутствующих символов:

Если отладчик находит PDB-файл после выполнения одного из этих действий и может извлечь исходный файл на основании информации в PDB-файле, отображается исходный код. В противном случае отображается страница Нет исходного кода, на которой описывается проблема и приводятся ссылки на действия, которые могут решить ее.

Добавление путей поиска исходных файлов в решение:

Вы можете указать расположения, в которых отладчик будет искать исходные файлы, а также исключить из поиска определенные файлы.

Выберите решение в обозревателе решений и затем щелкните значок Свойства, нажмите клавиши ALT+ВВОД либо щелкните это решение правой кнопкой мыши и выберите пункт Свойства.

Выберите Исходные файлы отладки.

В разделе Каталоги, содержащие исходный код введите или выберите расположения исходного кода для поиска. Щелкните значок Новая строка для добавления дополнительных расположений, значки со стрелками вверх и вниз для изменения их порядка либо значок X для их удаления.

Отладчик выполняет поиск только в указанном каталоге. Любые подкаталоги, в которых требуется осуществлять поиск, должны быть внесены в список.

В разделе Не выполнять поиск следующих исходных файлов введите имена исходных файлов, исключаемых из поиска.

Символы полезны при отладке и в других диагностических средствах. Файлы символов будут иметь разное содержимое в зависимости от языка, компилятора и платформы. Если рассматривать их на высоком уровне, символы представляют собой сопоставление между исходным кодом и двоичным кодом, который создается компилятором. Эти сопоставления используются такими инструментами, как Visual Studio, и Visual Studio Code для разрешения номеров строк исходного кода или имен локальных переменных.

Документация по Windows по символам содержит более подробную информацию о символах для Windows, хотя многие из концепций также применимы и к другим платформам.

Что такое PDB-файл?

Использование правильного формата PDB в конкретном сценарии

Ни переносимые PDB-файлы, ни PDB-файлы для Windows не поддерживаются всюду, поэтому необходимо подумать о том, где предполагается использовать и выполнять отладку проекта, чтобы решить, какой формат использовать. Если у вас есть проект, который вы хотите использовать и выполнять его отладку в обоих форматах, можно использовать разные конфигурации сборки и дважды собрать проект для поддержки обоих типов потребителей.

Поддержка переносимых PDB-файлов

Переносимые PDB-файлы могут быть прочитаны в любой операционной системе. Этот формат символов является рекомендуемым для управляемого кода, но существует ряд устаревших средств и приложений, которые не поддерживаются.

Последние версии DIA и средств, которые используют его для чтения символов, например WinDBG, поддерживают переносимые PDB-файлы, но более старые версии — нет.

Могут существовать более старые версии профилировщиков, которые не поддерживают переносимые PDB-файлы.

Для использования переносимых PDB-файлов в тех средствах, которые не поддерживают их, можно попробовать использовать средство Pdb2Pdb, которое преобразует файлы между форматами "переносимый PDB" и "PDB Windows".

Поддержка файлов PDB Windows

Файлы PDB Windows можно записывать и читать только в Windows. Использование PDB-файлов Windows для управляемого кода является устаревшим и используется только для устаревших средств. Рекомендуется использовать переносимые PDB вместо PDB-файлов Windows, так как некоторые новые функции компилятора реализованы только для переносимых PDB-файлов.

Файлы PDB отображают различные компоненты и операторы в исходном коде в свой конечный скомпилированный продукт, который затем может использоваться отладчиком для поиска исходного файла и местоположения в исполняемом файле, в котором он должен остановить процесс отладки.

Вместо этого некоторые файлы PDB могут быть в формате файла Protein Data Bank. Эти файлы PDB представляют собой простые текстовые файлы, которые хранят координаты относительно структур белка.

Другие файлы PDB, вероятно, создаются в формате файлов базы данных Palm или PalmDOC и используются в мобильной операционной системе PalmOS. Некоторые файлы в этом формате используют вместо этого расширение .PRC.

Как открыть файл PDB

Некоторые файлы PDB хранятся в виде обычного текста, например файлы базы данных отладки программы Geneious, и полностью читаемы человеком, если открыты в текстовом редакторе. Вы можете открыть этот тип файла PDB с помощью любой программы, которая может читать текстовые документы, например, встроенной в Windows программы «Блокнот». Некоторые другие средства просмотра и редактирования файлов PDB включают Notepad ++ и Brackets.

Другие файлы базы данных PDB не являются текстовыми документами и полезны только при открытии с программой, для которой они предназначены. Например, если ваш файл PDB каким-либо образом связан с Quicken, попробуйте использовать это программное обеспечение для просмотра или редактирования файла PDB. Visual Studio ожидает увидеть файл PDB в той же папке, что и файл DLL или EXE.

С помощью Avogadro вы можете просматривать и редактировать файлы PDB, являющиеся файлами банка протеиновых данных, в Windows, Linux и macOS. Jmol, RasMol, QuickPDB и USCF Chimera также могут открывать файл PDB. Поскольку эти файлы представляют собой простой текст, вы можете открыть файл PDB и в текстовом редакторе.

Palm Desktop должен иметь возможность открывать файлы PDB в формате файлов базы данных Palm, но вам, возможно, придется сначала переименовать его, чтобы иметь расширение .PRC, чтобы эта программа распознала его. Чтобы открыть файл PalmDOC PDB, попробуйте STDU Viewer.

Как конвертировать файл PDB

Файлы базы данных программы, скорее всего, не могут быть конвертированы в другой формат файла, по крайней мере, с помощью обычного инструмента конвертации файлов. Вместо этого, если есть какой-либо инструмент, который может конвертировать этот тип файла PDB, это была бы та же самая программа, которая может открыть его.

Например, если вам нужно преобразовать файл базы данных PDB из Quicken, попробуйте использовать эту программу для этого. Однако этот тип преобразования, вероятно, не только мало полезен, но и не поддерживается в этих приложениях базы данных (т. Е. Вам, вероятно, не нужно преобразовывать этот тип файла PDB в любой другой формат).

Файлы Protein Data Bank можно конвертировать в другие форматы с помощью MeshLab. Для этого вам может понадобиться сначала преобразовать файл PDB в WRL с PyMOL из меню Файл> Сохранить изображение как> VRML , а затем импортировать файл WRL в MeshLab и использовать файл > Экспорт сетки как меню, чтобы в конечном итоге конвертировать файл PDB в STL или другой формат файла.

Если вам не нужна цветная модель, вы можете экспортировать файл PDB напрямую в STL с помощью USCF Chimera (ссылка для скачивания приведена выше). В противном случае вы можете использовать тот же метод, что и выше (с MeshLab), чтобы конвертировать PDB в WRL с USCF Chimera, а затем экспортировать файл WRL в STL с MeshLab.

Преобразовать PDB в PDF или EPUB, если у вас есть файл PalmDOC, можно несколькими способами, но проще всего, вероятно, использовать онлайн-конвертер PDB, такой как Zamzar. Вы можете загрузить свой файл PDB на этот веб-сайт, чтобы иметь возможность конвертировать его в эти форматы, а также в форматы файлов AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT и другие.

Преобразовать файл PDB в формат FASTA можно с помощью онлайн-конвертера Meiler Lab в PDB в FASTA.

Также возможно конвертировать PDB в CIF (формат кристаллографической информации) онлайн, используя PDBx/mmCIF.

Расширенное чтение файлов PDB

Вы можете прочитать намного больше о файлах базы данных программ от Microsoft, GitHub и Wintellect.

Также есть больше информации о файлах Protein Data Bank; см. Всемирный банк протеиновых данных и RCSB PDB.

Ваш файл все еще не открывается?

Файлы PDB, которые не открываются ни одним из перечисленных выше инструментов, скорее всего, не являются файлами PDB. Может случиться так, что вы неправильно читаете расширение файла; некоторые форматы файлов используют суффикс, который очень похож на «.PDB», когда они действительно не связаны и не работают одинаково.

Например, файл PDF является файлом документа, но большинство программ из приведенного выше не будут корректно отображать текст и/или изображения, если вы попытаетесь открыть их с помощью этих программ. То же самое верно и для других файлов с одинаковыми расширениями файлов, таких как файлы PD, PDE, PDC и PDO.

Если у вас нет файла PDB, изучите расширение файла, которое есть у вашего файла, чтобы вы могли найти соответствующую программу, которая открывает или конвертирует его.

Файл с расширением PDB, скорее всего, является файлом базы данных программ, который используется для хранения отладочной информации о программе или модуле, например, файл DLL или EXE. Иногда их называют файлами символов.

Этот файл сопоставляет различные компоненты и операторы в исходном коде со своим финальным скомпилированным продуктом, который затем может использовать отладчик для поиска исходного файла и места в исполняемом файле, в котором он должен остановить процесс отладки.

Некоторые файлы PDB вместо этого могут быть в формате файла Protein Data Bank. Это простые текстовые файлы, в которых хранятся координаты белковых структур.

Как открыть файл PDB

Различные программы используют свой собственный файл PDB для хранения данных в каком-то структурированном формате базы данных, поэтому каждое приложение используется для открытия своего собственного типа.

Некоторые файлы PDB хранятся в виде обычного текста, как файлы Geneious Program Debug Database, и полностью читаются человеком, если открыты в текстовом редакторе. Вы можете открыть этот тип PDB-файла с помощью любой программы, которая может читать текстовые документы, например, встроенной программы «Блокнот» в Windows. Некоторые другие средства просмотра и редакторы файлов PDB включают Notepad ++ и Brackets.

Другие файлы PDB не являются текстовыми документами и полезны только при открытии с помощью программы, для которой они предназначены. Например, если ваш каким-то образом связан с Quicken, попробуйте использовать это программное обеспечение для просмотра или редактирования. Visual Studio ожидает увидеть файл PDB в той же папке, что и файл DLL или EXE.

Вы можете просматривать и редактировать файлы PDB, которые являются файлами банка данных Protein, в Windows, Linux и macOS с помощью Avogadro. Эти программы также могут открывать файл: Jmol, RasMol, QuickPDB и USCF Chimera. Поскольку это обычный текст, вы также можете открыть его в текстовом редакторе.

Чтобы открыть файл PalmDOC PDB, попробуйте STDU Viewer.

Файлы Tanida Demo Builder открываются программой с тем же именем.

Как конвертировать файл PDB

Файлы программной базы данных, скорее всего, невозможно преобразовать в другой формат файла, по крайней мере, с помощью обычного инструмента для преобразования файлов. Вместо этого, если есть какой-либо инструмент, который может преобразовать этот тип файла, это будет та же программа, которая может его открыть.

Например, если вам нужно преобразовать файл базы данных из Quicken, попробуйте использовать эту программу для этого. Однако этот тип преобразования, вероятно, не только малопригоден, но и не поддерживается в этих приложениях баз данных (т. Е. Вам, вероятно, не нужно преобразовывать этот тип файла PDB в какой-либо другой формат).

Файлы Protein Data Bank можно конвертировать в другие форматы с помощью MeshLab. Для этого вам может потребоваться сначала преобразовать его в WRL с помощью PyMOL из Отправьте > Сохранить изображение как > VRML меню, а затем импортируйте файл WRL в MeshLab и используйте Отправьте > Экспорт сетки как меню для окончательного преобразования файла PDB в STL или другой формат файла.

Если вам не нужно, чтобы модель была цветной, вы можете экспортировать файл непосредственно в STL с помощью USCF Chimera (ссылка для скачивания выше). В противном случае вы можете использовать тот же метод, что и выше (с MeshLab), для преобразования PDB в WRL с помощью USCF Chimera, а затем экспортировать WRL в STL с помощью MeshLab.

Преобразовать файл PDB в формат FASTA можно с помощью онлайн-конвертера PDB в FASTA Meiler Lab.

Также возможно преобразовать этот файл в CIF (формат кристаллографической информации) онлайн с помощью PDBx / mmCIF.

По-прежнему не удается открыть файл?

Файлы, которые не открываются ни одним из перечисленных выше инструментов, вероятно, на самом деле не являются файлами PDB. Возможно, вы неправильно читаете расширение файла; в некоторых форматах используется суффикс, который очень похож на PDB, когда они действительно не связаны и работают по-разному.

Если у вас нет файла PDB, изучите расширение файла, которое имеет ваш файл, чтобы найти соответствующую программу, которая его открывает или преобразует.

Расширенное чтение файлов PDB

Вы можете узнать больше о файлах базы данных программ на GitHub и Wintellect.

Также можно узнать больше о файлах банка данных Protein; см. Worldwide Protein Data Bank и RCSB PDB.

Читайте также: