Как открыть hdf5 файл

Обновлено: 07.07.2024

Несколько общедоступных программ, с помощью которых можно работать с форматом HDF и его расширением HDF-EOS. Особенности обработки данных распространяемых в этом формате в этой статье не рассматриваются.

В следствие развития программы NASA Earth Observing System, широким распространением данных получаемых ее инструментами (ASTER, MODIS, CERES и др.), встает вопрос, что же с ними делать, так как распространяются они в большинстве своем в формате HDF, который не отличается простотой.

Данная заметка не ставит перед собой целью осветить все средства работы с форматом HDF, а скорее только наиболее распространенные и, как кажется авторам, наиболее удобные.

Формат HDF существует в двух основных версиях 4 и 5, на момент последнего обновления статьи версия HDF5 5 - 1.6.5, HDF4 - 4.2r1. Для данных дистанционного зондирования (вообще этот формат позиционируется как формат для любых сложных составных данных, включающих разнотипные типы данных, такие как текст, растры, таблицы и т.д.) используются расширения формата адаптированные NASA: например расширение HDF-EOS (HDF-Earth Observing System) - это специальная надстройка для формата HDF, позволяющая более эффективно хранить данные получаемые со спутников системы EOS (Terra, Aqua и другие, планируемые). Программное обеспечение для обработки этого формата распространяется через специальный сайт созданный и поддерживаемый HDF Group.

HDF-EOS дополнен следующими форматами данных: grid, swath, point, отличие этих данных от других заключается в наличие пространственной привязки. С точки зрения программирования, программные библиотеки HDF при обращению к HDF-EOS будут вести себя с ними как с обычными HDF данными, игнорируя привязку, поэтому для правильной работы с этим расширением формата HDF, необходимы специальные библиотеки, "понимающие" географическую привязку.

HDF-EOS существует в двух основных версиях: v2.x является расширением к HDF v4, v5.x является расширением HDF v5. Эти версии плохо совместимы из-за сильных изменений введенных в формат HDF начиная с версии 5.

Программное обеспечение для работы с данными в формате HDF:

- разработка компании RSINC (автора ENVI). Дает пожалуй самый полный визуальный контроль на данными HDF, иерархически представляет их структуру, позволяет экспортировать любую из компонентов файла (растр, таблицы и т.д.). К сожалению небесплатна, но, кроме собственно демо-версии, по запросу авторам, они предоставляют файл лицензии делающей программу полностью работоспособной на несколько дней.

HDF Explorer v1.1, 7Mb, загрузка через GIS-Lab)
HDF Explorer v1.4.022, 14Mb, загрузка через домашнюю страницу программы)

Особенности использования этого формата для разных данных дистанционного зондирования, таких как например MODIS, IRS, ASTER несколько различаются и в данной заметке не рассматриваются.

Программы, которые поддерживают HDF5 расширение файла

Следующий список функций HDF5 -совместимых программ. HDF5 файлы можно встретить на всех системных платформах, включая мобильные, но нет гарантии, что каждый из них будет должным образом поддерживать такие файлы.

Программы, обслуживающие файл HDF5

Как открыть файл HDF5?

Проблемы с доступом к HDF5 могут быть вызваны разными причинами. Что важно, все распространенные проблемы, связанные с файлами с расширением HDF5, могут решать сами пользователи. Процесс быстрый и не требует участия ИТ-специалиста. Мы подготовили список, который поможет вам решить ваши проблемы с файлами HDF5.

Шаг 1. Получить HDFView

Наиболее распространенной причиной таких проблем является отсутствие соответствующих приложений, поддерживающих файлы HDF5, установленные в системе. Чтобы решить эту проблему, перейдите на веб-сайт разработчика HDFView, загрузите инструмент и установите его. Это так просто В верхней части страницы находится список всех программ, сгруппированных по поддерживаемым операционным системам. Если вы хотите загрузить установщик HDFView наиболее безопасным способом, мы рекомендуем вам посетить сайт The HDF Group и загрузить его из официальных репозиториев.

Шаг 2. Обновите HDFView до последней версии

Если у вас уже установлен HDFView в ваших системах и файлы HDF5 по-прежнему не открываются должным образом, проверьте, установлена ли у вас последняя версия программного обеспечения. Разработчики программного обеспечения могут реализовать поддержку более современных форматов файлов в обновленных версиях своих продуктов. Это может быть одной из причин, по которой HDF5 файлы не совместимы с HDFView. Самая последняя версия HDFView обратно совместима и может работать с форматами файлов, поддерживаемыми более старыми версиями программного обеспечения.

Шаг 3. Настройте приложение по умолчанию для открытия HDF5 файлов на HDFView

После установки HDFView (самой последней версии) убедитесь, что он установлен в качестве приложения по умолчанию для открытия HDF5 файлов. Метод довольно прост и мало меняется в разных операционных системах.

Процедура изменения программы по умолчанию в Windows

Щелкните правой кнопкой мыши на файле HDF5 и выберите « Открыть с помощью опцией».
Далее выберите опцию Выбрать другое приложение а затем с помощью Еще приложения откройте список доступных приложений.
Последний шаг - выбрать опцию Найти другое приложение на этом. указать путь к папке, в которой установлен HDFView. Теперь осталось только подтвердить свой выбор, выбрав Всегда использовать это приложение для открытия HDF5 файлы и нажав ОК .

Процедура изменения программы по умолчанию в Mac OS

Шаг 4. Убедитесь, что файл HDF5 заполнен и не содержит ошибок

Вы внимательно следили за шагами, перечисленными в пунктах 1-3, но проблема все еще присутствует? Вы должны проверить, является ли файл правильным HDF5 файлом. Проблемы с открытием файла могут возникнуть по разным причинам.

1. Убедитесь, что HDF5 не заражен компьютерным вирусом

Если HDF5 действительно заражен, возможно, вредоносное ПО блокирует его открытие. Сканируйте файл HDF5 и ваш компьютер на наличие вредоносных программ или вирусов. HDF5 файл инфицирован вредоносным ПО? Следуйте инструкциям антивирусного программного обеспечения.

2. Убедитесь, что файл с расширением HDF5 завершен и не содержит ошибок

3. Убедитесь, что у вас есть соответствующие права доступа

Существует вероятность того, что данный файл может быть доступен только пользователям с достаточными системными привилегиями. Переключитесь на учетную запись с необходимыми привилегиями и попробуйте снова открыть файл HDF5.

4. Проверьте, может ли ваша система обрабатывать HDFView

Если в системе недостаточно ресурсов для открытия файлов HDF5, попробуйте закрыть все запущенные в данный момент приложения и повторите попытку.

5. Убедитесь, что ваша операционная система и драйверы обновлены

Современная система и драйверы не только делают ваш компьютер более безопасным, но также могут решить проблемы с файлом HDF5. Возможно, что одно из доступных обновлений системы или драйверов может решить проблемы с файлами HDF5, влияющими на более старые версии данного программного обеспечения.

Вы хотите помочь?

Если у Вас есть дополнительная информация о расширение файла HDF5 мы будем признательны, если Вы поделитесь ею с пользователями нашего сайта. Воспользуйтесь формуляром, находящимся здесь и отправьте нам свою информацию о файле HDF5.

Практически каждый сталкивался с некоторыми проблемами при открытии неизвестных файлов при работе на компьютере. Это может быть очень сложно. Однако такие проблемы, не только с файлами HDF5, могут быть решены стандартным способом. Следуйте инструкциям ниже, и мы можем гарантировать, что ваша проблема с открытием HDF5 будет решена!

HDF5 расширение файла

Тип файла HDF5
Разработчик файлов The HDF Group
Категория файла Другие файлы
Рейтинг популярности файлов

Как открыть файл HDF5?

Если данная учетная запись пользователя не имеет необходимых разрешений для открытия файлов с расширением HDF5 , весьма вероятно, что в системе пользователей не установлена программа, поддерживающая данные файлы. Ниже приведен список действий, которые пользователь должен выполнить для решения наиболее распространенных проблем.

Шаг 1. Загрузите и установите приложение, которое поддерживает HDF5 файлы

После установки приложения система должна автоматически открывать HDF5 файлы с данным приложением. Ниже приведен список соответствующих программ, а также операционных систем, для которых они доступны:

Программы, поддерживающие HDF5 файлы

Шаг 2. Убедитесь, что файлы HDF5 связаны с соответствующим программным обеспечением

Возможно, что приложение, которое поддерживает файлы HDF5, не связано с такими файлами. В этом случае программа должна быть вручную связана с файлами HDF5 (щелкните правой кнопкой мыши значок файла → Свойства → Вкладка «Общие» → В подменю «Открыть с помощью» и нажмите кнопку «Изменить». Система отобразит список предлагаемых программы, которые поддерживают HDF5 файлы. Выберите приложение, установив флажок «Всегда использовать выбранное приложение для открытия файлов такого типа». Система сохранит эту информацию в своем реестре и будет использовать ее для открытия HDF5 файлов с выбранной программой. ,

Изменение HDF5 ассоциации файлов в реестре

Ассоциация файлов для файлов HDF5 может быть отредактирована вручную путем редактирования соответствующей записи в системном реестре Windows. Тем не менее, это не рекомендуется, так как это может привести к ошибкам в реестре, если это не сделано должным образом, и может даже повредить систему.

Файл HDF5 - это контейнер для хранения объектов двух типов: набор данных и группа. Набор данных - это массив данных, похожий на массив, а группа - это папочный контейнер для хранения наборов данных и других групп. Когда вы используете h5py, вам нужно иметь в виду следующее предложение: аналоговый словарь групп, аналоговый массив данных Numpy.
Хотя набор данных HDF5 очень похож на массив Numpy с точки зрения интерфейса, он поддерживает более прозрачные функции хранения, такие как сжатие данных, обнаружение ошибок и передача блоков.

Чтение и сохранение файлов HDF5

Прочитайте содержимое файлов HDF5

Сначала мы должны открыть файл:

Пожалуйста, помните, что h5py.File похож на объект словаря Python, поэтому мы можем просмотреть все ключи:

Основываясь на вышеупомянутых наблюдениях, имя в файле mydataset Такой набор данных. Затем мы можем использовать словарь-подобный метод для чтения соответствующего объекта набора данных.

Dset является объектом набора данных HDF5, мы можем обращаться к его свойствам и данным, например, к массиву Numpy

Создать файл HDF5

мы используем ’w’ Файл в режиме

Затем мы используем серию методов файловых объектов для добавления данных. среди них create_dataset Используется для создания пустого для данной формы и типа данных dataset :

Мы также можем использовать существующий массив Numpy для инициализации набора данных

Стратегия блокировки хранилища

По умолчанию набор данных HDF5 постоянно размещается в памяти, то есть в соответствии с традиционным порядком C. Наборы данных также могут быть созданы в макете блочного хранилища HDF5. То есть набор данных делится на несколько блоков одинакового размера и случайным образом распределяется на диске, а B-дерево используется для установления индекса.
Чтобы сохранить в блоках, задайте ключевое слово как кортеж, чтобы указать форму блока.

Может такжеАвтоматическое чанкингБез необходимости указывать форму блока.

HDF5 слоистая структура

"HDF" означает " Hierarchical Data Format "(Иерархический формат данных). Объект группы в файле HDF5 похож на папку. Объект файла, который мы создаем, сам является группой, называемой root group .

Создайте subgroup Да использовать create_group Метод. Но нам нужно использоватьРежим чтения и записиоткрыть файл:

Тогда у grp тот же метод, что и у f.
Мы перебираем группу, чтобы получить всех непосредственно связанных членов группы (включая набор данных и подгруппу)

Чтобы пройти всех прямых и косвенных членов в группе, мы можем использовать группу visit() с участием visititerms() Методы, эти методы требуютПолучить функцию обратного вызова в качестве параметра。

Атрибуты

Отличительной особенностью HDF5 является то, что вы можете хранить метаданные рядом с данными. Все группы и наборы данных поддерживают формы данных, называемые атрибутами. Пропуск собственности attrs Доступ к членам, аналогично формату словаря в Python.

Расширенные возможности

Банк фильтров

Банк фильтров HDF5 может преобразовать массив блоков. Наиболее часто используемое преобразование - это сжатие с высокой точностью. После создания набора данных с определенным фильтром сжатия чтение и запись можно выполнять как обычно, без добавления дополнительных шагов.
используйте ключевые слова compression Чтобы указать фильтр сжатия и необязательные параметры фильтра, используйте ключевые слова. compression_opt Указать:

А. Нет ограничений на размер самого файла HDF5, но набор данных HDF5 допускает до 32 измерений, и каждое измерение может иметь до 2 ^ 64 значений. Размер каждого значения теоретически может быть произвольно большим
б. Максимально допустимая текущая емкость для чанка 2^32-1 byte (4GB) Размер блока набора данных фиксированного размера не может превышать размер набора данных.

Читайте также: