Как установить r на линукс

Обновлено: 06.07.2024

Язык программирования с открытым исходным кодом R широко используется для выполнения анализа данных и статистических вычислений. Он поддерживается фондом R Foundation for Statistical Computing и становится все более популярным и расширяемым языком с активным сообществом разработчиков. R предлагает много сгенерированных пользователем пакетов для определенных областей исследований, что позволяет применять его в разных сферах.

В этом обучающем модуле мы выполним установку R и покажем, как добавлять пакеты из официальных архивов Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Предварительные требования

Для прохождения этого обучающего модуля вам потребуется сервер Ubuntu 20.04, имеющий:

не менее 1 Гбайт оперативной памяти
пользователя без привилегий root с привилегиями sudo .

Чтобы выполнить необходимую настройку, воспользуйтесь нашим руководством по первоначальной настройке сервера.

После выполнения всех предварительных требований мы можем начинать.

Шаг 1 — Установка R

Поскольку проект R быстро развивается, в репозиториях Ubuntu не всегда доступна последняя стабильная версия. Поэтому мы начнем с добавления внешнего хранилища, обслуживаемого CRAN.

Примечание. CRAN хранит репозитории в своей сети, но не все внешние репозитории можно считать надежными. Установку следует выполнять только из доверенных источников.

Вначале добавим актуальный ключ GPG.

При запуске этой команды мы получим следующий вывод:

Получив надежный ключ, мы можем добавить репозиторий.

Если вы не используете версию 20.04, найдите подходящий репозиторий в списке R Project Ubuntu, где перечислены имена для каждого выпуска. Версия Ubuntu 20.04 имеет кодовое название Focal Fossa, а последняя версия R — это версия 4.0.0. Поэтому для нижеуказанного репозитория следует использовать правила обозначения имен — focal-cran40 .

Среди отображаемых данных найдите следующие строки:

Теперь нам нужно запустить обновление , чтобы добавить манифесты пакетов из нового репозитория.

Убедитесь, что одна из строк вывода выглядит примерно так:

Если в результате выполнения команды update выводится строка, похожая на описанную выше, это означает, что мы успешно добавили репозиторий. Мы можем быть уверены, что не установим случайно более старую версию.

Теперь мы готовы к установке R с помощью следующей команды.

Введите в диалоге y для подтверждения установки.

На момент написания этого документа последней стабильной версией R от CRAN была версия 4.0.1. Номер версии отображается при запуске R.

Поскольку мы планируем установить пример пакета для каждого пользователя системы, мы запустим R от имени пользователя root, чтобы библиотеки были автоматически доступны всем пользователям. Если вы запустите команду R без привилегий sudo , для вашего пользователя можно будет настроить личную библиотеку.

Это подтверждает, что мы успешно установили R и вошли в интерактивную оболочку.

Шаг 2 — Установка пакетов R от CRAN

Одно из преимуществ R — большое количество доступных дополнительных пакетов. Для демонстрационных целей мы установим библиотеку txtplot , которая выводит графики ASCII, включая элементы scatterplot, line plot, density plot, acf и bar chart:

Примечание. На следующем экране показано, где будет установлен пакет.

Этот глобальный путь доступен, поскольку мы запустили R от имени пользователя root. Это расположение делает пакет доступным для всех пользователей.

После завершения установки мы можем выполнить загрузку txtplot :

Если вы хотите узнать больше о txtplot , используйте команду help(txtplot) в интерпретаторе R.

Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью команды install.packages() . Чтобы узнать больше о доступных пакетах, воспользуйтесь официальным перечнем пакетов, отсортированных по имени, в списке Доступные пакеты CRAN по именам.

Для выхода изR введите q() . Нажмите n в диалоге, если не хотите сохранять образ рабочего пространства.

Заключение

После успешной установки R на сервере вас может заинтересовать руководство по установке RStudio Server, помогающее установить среду IDE для только что развернутой серверной системы. Также вы можете узнать больше о настройке сервера Shiny server для конвертации кода R в интерактивные веб-страницы.

Дополнительную информацию об установке пакетов R с помощью различных инструментов можно найти в указаниях по установке из GitHub, BitBucket или других репозиториев. Это позволит вам использовать последние наработки активного сообщества.

В этой статье описаны шаги, необходимые для установки R в Ubuntu 20.04.

Подготовка

Прежде чем продолжить изучение этого руководства, убедитесь, что вы выполнили следующие предварительные требования:

В вашей системе не менее 1 ГБ ОЗУ. В противном случае создайте файл подкачки .
Вы вошли в систему как пользователь с привилегиями sudo .

Установка R в Ubuntu

Пакеты R, включенные в репозитории Ubuntu по умолчанию, часто устарели. Установим R из репозитория CRAN .

Чтобы установить R в Ubuntu 20.04, выполните следующие действия:

Добавьте репозиторий CRAN в список источников вашей системы:

Установите R, набрав:

Установка может занять несколько минут. После завершения проверьте его, распечатав версию R:

Вот и все, R установлен на вашем компьютере с Ubuntu, и вы можете начать его использовать.

Компиляция пакетов R

Чтобы иметь возможность компилировать пакеты R, вам необходимо установить пакет, необходимый для build-essential :

В демонстрационных целях мы установим пакет с именем stringr , который обеспечивает быструю и правильную реализацию стандартных операций со строками.

При запуске с правами root пакеты будут установлены глобально и доступны для всех пользователей системы. Если вы запустите R без sudo , для вашего пользователя будет создана личная библиотека.

Откройте консоль R:

Установите пакет stringr , набрав:

Установка займет некоторое время, и после ее завершения загрузите библиотеку с помощью:

Создайте простой вектор символов с именем tutorial :

Запустите следующую функцию, которая печатает длину строки:

Вы можете найти больше пакетов R в разделе «Доступные пакеты CRAN по имени» и установить их с помощью install.packages() .

Вместо того, чтобы компилировать пакеты R, вы можете установить их как пакеты Debian из репозитория cran2deb4ubuntu .

Выводы

Мы показали вам, как установить R в Ubuntu 20.04 и скомпилировать пакеты R.

Если вы столкнулись с проблемой или хотите оставить отзыв, оставьте комментарий ниже.

В этой статье будет говориться в основном об установке R в Linux, но также покажем простой пример использования R для построения графика. Это первая статья в серии, посвященной R, которая будет интересна всем, кто хочет научиться пользоваться R. Главная цель данной статьи - краткий обзор R с иллюстрациями в виде примеров.

2. Что такое GNU R?

R - это язык программирования с открытым исходным кодом (программный пакет) и окружение, использующееся в основном для статистического анализа данных. Он лицензирован под GNU General Public License (GPL). R - очень интуитивный язык программирования. С помощью всего нескольких строк кода вы можете сделать очень многое, в основном это связано с тем, что для R имеется большое количество пакетов с препрограммированными функциями. Вы можете получить пакеты R из Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Сильные стороны R: графическая визуализация данных, анализ данных, аппроксимация статистических данных.

Слабые стороны R: сложно структурированное хранилище данных, выполнение запросов при работе с большими наборами данных, которые не помещаются в оперативной памяти.

3. Установка GNU R в Linux/Unix

3.1. Система управления пакетами

3.1.1. Debian / Ubuntu / Mint

В Debian и системах на его основе, таких как Ubuntu или Linux Mint, вы можете установить R из стандартных репозиториев. Это предпочтительный способ. С помощью приведенной ниже команды вы можете скачать и установить R вместе со всеми зависимостями:

Если в вашей системе недоступна команда sudo, необходимо сначала авторизоваться в терминале как root, а затем установить R с помощью команды:

3.1.2. Redhat / Fedora / CentOS

Также, как и в дистрибутивах на базе Debian, в Redhat Linux и системах на его базе вы можете использовать команду yum. Инсталляция с помощью yum полностью автоматическая. С помощью приведенной ниже команды вы можете установить R вместе со всеми зависимостями:

3.2. Установка из исходного кода

Этот метод установки R может быть выбран в качестве последнего средства. Обычно программы устанавливают из исходного кода, если у вас имеются специфичные требования окружения, вы не можете установить ее из стандартных репозиториев, у вас нет привилегий root для установки новых программ в системе, или вы отчаянно нуждаетесь в последней версии R.
Чтобы установить R, сначала необходимо скачать исходный код . Он будет в виде архива, название которого зависит от версии, в нашем случае это R-2.15.2.tar.gz. Далее, необходимо распаковать архив с помощью команды:

При этом будет создана новая директория с аналогичным названием. В нашем случае - R-2.15.2. Перейдите в эту директорию и выполните конфигурационный скрипт "configure":

С помощью скрипта "configure" вы можете задать различные флаги для настройки компиляции в соответствии с вашим окружением. Если у вас нет каких-либо специфичных требований, вы можете запустить компиляцию с помощью команды:

При этом R будет скомпилирован в вашей домашней директории, откуда вы сможете его запустить. Следующий этап опциональный и требует привилегий суперпользователя. Если у вас есть права root, вы можете установить новую программу в системе с помощью команды:

4. Запуск GNU R в Linux/Unix и пример его использования

Для приведенного ниже примера скачайте файл gnu-r-example.csv и сохраните его в своей домашней директории.

4.1. Запуск R

Давайте запустим R в вашей системе Linux/Unix. Перейдите в свою рабочую директорию с помощью команды cd и введите:

4.2. Простой пример использования R

Давайте рассмотрим простой пример использования R, включающий извлечение данных из файла с запятыми в качесте разделителя, построение временных рядов и создание диаграммы.

4.2.1. Извлечение данных из файла

Чтобы прочитать файл .csv, в R используется функция read.csv. Например:

Эта функция считывает числовые данные, хранящиеся в файле gnu-r-example.csv, и помещает их в переменную "data". Теперь "data" - это матрица с одним столбцом. Поэтому, чтобы получить доступ к значениям первого столбца "data", мы пишем data[,1].

4.2.2. Построение графика

Чтобы построить график на базе значений, хранящихся в переменной "data[,1]", используется функция plot:

Опция 'type' задает тип рисуемого графика. type='l' означает тип графика - линия (точки соединяются линией).

На рисунке выше показан вывод команды plot. Кроме того, давайте посмотрим пример вывода гистограммы, соответствующей "data[,1]". Это можно сделать с помощью команды:

Язык программирования R очень популярен для выполнения на статистических расчетов и графиков. Он широко используется статистиками для разработки статистического программного обеспечения и проведения анализа данных. Одной из сильных сторон R есть его расширяемость. Пользователи могут создавать и публиковать собственные пакеты. Сообщество R очень активно, постоянно добавляются пользовательские статистические пакеты для специфических областей науки. Что делает R применимым во многих сферах.

CRAN (Comprehensive R Archive Network) — это набор сайтов (зеркал) на которых размещены множество пакетов, и сами дистрибутивы R. Вы можете скачать R с любого из них но мы будем использовать RStudio. В этом руководстве вы узнаете как установить и настроить R в Ubuntu 18.04. Большинство инструкций подойдут и для других операционных систем, нужно будет изменить лишь несколько команд.

Установка R в Ubuntu

Конечно же нам потребуется Ubuntu и 1 Гб оперативной памяти в системе. Если памяти недостаточно, необходимо подключить раздел подкачки. Вы можете установить R из официальных репозиториев Ubuntu для этого выполните:

sudo apt install r-base

Если вы хотите получить самую свежую версию R нужно добавить репозиторий R-Project и установить среду языка оттуда. Выполните такие команды:

Теперь когда менеджер пакетов apt настроен правильно, мы можем переходить к установке. Опция y, автоматически подтверждает установку программы:

Теперь у вас в системе установлена самая последняя версия R. Можете протестировать ее выполнив:

Сейчас вы в интерактивной консоли R и можете выполнять любые R команды. Для выхода используйте функцию:

Установка пакетов R из CRAN

По умолчанию R устанавливает несколько стандартных пакетов, но вы наверное захотите установить дополнительные пакеты. Для этого и нужно не меньше 1 Гб оперативной памяти. Для установки или обновления пакетов из CRAN необходимо использовать R функцию install.packages(). Например если вы хотите установить пакет имя_пакета используйте следующую команду:

Стоит заметить что пакет будет установлен только для текущего пользователя и другим будет недоступен. Можно установить пакет R и для всех пользователей, для этого нужно запускать R с правами суперпользователя.

В качестве примера давайте установим пакет shiny который очень популярен среди разработчиков web приложений на R. Можно просто запустить R команду с помощью sudo. Параметр repo указывает с какого репозитория будет загружен пакет.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Теперь пакет будет доступен для всех пользователей. Давайте проверим. Запустите R:

R - это быстрорастущий язык программирования с открытым исходным кодом и бесплатная среда, специализирующаяся на статистических вычислениях и графическом представлении. Он поддерживается Фондом R для статистических вычислений и в основном используется статистиками и специалистами по добыче данных для разработки статистического программного обеспечения и выполнения анализа данных.

Введение

Прежде чем вы начнете работу с этим руководством, вам понадобится машина с Ubuntu 18.04 со:

Установка R в Ubuntu

На момент написания этой статьи последней стабильной версией R была версия 3.5. Пакеты R из репозиториев Ubuntu часто устарели, поэтому мы установим R, добавив репозиторий, поддерживаемый CRAN .

Чтобы установить последнюю стабильную версию R в Ubuntu 18.04, выполните следующие действия:

Включите репозиторий CRAN и добавьте ключ CRAN GPG в вашу систему, используя следующие команды:

Теперь, когда репозиторий apt добавлен , обновите список пакетов и установите пакет R, набрав:

Чтобы убедиться, что установка прошла успешно, выполните следующую команду, которая распечатает версию R:

Установка пакетов R из CRAN

Одна из основных причин, по которой R так популярен, - это широкий спектр пакетов, доступных через Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Установите build-essential пакет, содержащий инструменты, необходимые для компиляции пакетов R.

В демонстрационных целях мы установим пакет с именем stringr , который обеспечивает быструю и правильную реализацию стандартных манипуляций со строками.

При запуске с правами root пакеты будут установлены глобально и доступны для всех пользователей системы. Если вы запустите R без sudo, для вашего пользователя будет создана личная библиотека.

Начните с открытия консоли R как root:

Установите stringr пакет, набрав:

Установка займет некоторое время, и после ее завершения загрузите библиотеку с помощью:

Создайте простой вектор символов с именем tutorial :

Запустите следующую функцию, которая печатает длину строки:

Вы можете найти больше пакетов R в разделе Доступные пакеты CRAN по имени и установить их с помощью install.packages() .

Вывод

Вы успешно установили R в свою систему Ubuntu и узнали, как устанавливать пакеты R.

Читайте также: